Amazilia beryllina (colibrí berilo) Distribución potencial (Feria-Arroyo et al., 2016)

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Información de identificación
1. Referencia
  
  Información de referencia:
  
  Autor:
  
  Feria-Arroyo, T. P., C. Lara, A. L. Cavazos, M. Oyervides, (2016). 'Amazilia beryllina (colibrí berilo). Distribución potencial', escala: 1:1000000. The University of Texas-Pan American. Proyecto: JM007, Geographic distribution of lizards (genus Plestiodon) and hummingbirds endemics of México (Distribución geográfica de lagartijas (género Plestiodon) y colibríes endémicos de México). El Proyecto fue financiado por la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO). Ciudad de México, México.
  
  Fecha de publicación:
  
  17-05-2016
  
  Nombre del producto:
  
  Amazilia beryllina (colibrí berilo) Distribución potencial (Feria-Arroyo et al., 2016)
  
  Formato de representación geográfica:
  
  Shapefile. Formato vectorial compuesto por 4 archivos (shp, shx, dbf,prj)
  
  Información complementaria:
  
  Escala: 1:1000000
  
  Acceso en línea:
  
  http://www.conabio.gob.mx/informacion/metadata/gis/abe007dpgw.xml?_httpcache=yes&_xsl=/db/metadata/xsl/fgdc_html.xsl&_indent=no
2. Descripción
  
  Resumen:
  
  Este modelo representa la distribución potencial de la especie Amazilia beryllina endemica de México utilizando ecorregiones terrestres.
  
  Propósito:
  
  Este modelo representa la distribución potencial de la especie Amazilia beryllina endemica de México utilizando ecoregiones terrestres.
  
  Información suplementaria:
  
  Del número de sitios utilizados para modelar, (3) se encuentran fuera del modelo. Referencias en la web: http://www.conabio.gob.mx/institucion/cgi-bin/datos.cgi?Letras=JM&Numero=007
3. Periodo de validez de los datos
  
  Fecha y hora:
  
  No aplica
  
  Vigencia:
  
  1700-2012
4. Estado de la información
  
  Progreso:
  
  Terminado
  
  Mantenimiento:
  
  No planeado
5. Dominio espacial
  
  Descripción de la extensión geográfica:
  
  Estados Unidos de América, República Mexicana y Centroamérica
  
  Coordenadas extremas:
  
  (Oeste) -111.639595031738, (Este) -84.6062545776367, (Norte) 34.3598175048828, (Sur) 9.76814842224121
6. Palabras clave
  
  Tema:
  
  2016, Amazilia beryllina, Aves, Distribución potencial, JM007
  
  Lugar:
  
  Aguascalientes, Belize, Campeche, Coahuila de Zaragoza, Colima, Costa Rica, Chiapas, Chihuahua, Distrito Federal, Durango, Estados Unidos de América, Guanajuato, Guerrero, Hidalgo, Honduras, Jalisco, México, Michoacán de Ocampo, Morelos, Nayarit, Nicaragua, Nuevo León, Oaxaca, Puebla, Querétaro, Quintana Roo, República de El Salvador, República de Guatemala, República Mexicana, San Luis Potosí, Sinaloa, Sonora, Tabasco, Tamaulipas, Tlaxcala, Veracruz de Ignacio de la Llave, Zacatecas
7. Taxonomía
  Palabras clave:
  
  Tema: Aves, Apodiformes, Trochilidae, Amazilia, Amazilia beryllina, beryllamazilie, colibrí berilo, berylline hummingbird
  
  Sistema taxonómico:
  
  Clasificación:
  
  Fuente:
  
  'Checklist of North American Birds, 7th Edition'
  
  19980000. AOU, (1998), 'Checklist of North American Birds, 7th Edition', versión: 7, The American Ornithologist Union, Kansas, USA.
  
  Procedimiento taxonómico: No conocido
  
  Cobertura taxonómica:
  
  Colibries
  
  Clasificación:
  
  Animalia: Chordata: Aves: Apodiformes: Trochilidae: Amazilia: Amazilia beryllina (beryllamazilie, colibrí berilo, berylline hummingbird)
8. Herramienta de análisis
9. Condiciones de acceso
  Sin restricciones
10. Condiciones de uso
  Importante:
  
  Se debe citar la fuente del mapa y a CONABIO. Ver la licencia completa en https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/
11. Contacto
12. Vista previa
  
  Nombre del recurso:
  
  http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/20/abe007dpgw
  
  Descripción:
  
  171 x 132 píxeles
  
  Formato:
  
  image/png
  
  Nombre del recurso:
  
  http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/96/abe007dpgw
  
  Descripción:
  
  1002 x 774 píxeles
  
  Formato:
  
  image/png
13. Créditos y reconocimientos
14. Restricciones de uso
15. Sistema nativo
  SIG ArcMap 10, Windows
16. Documentos relacionados
  
  Amazilia beryllina (colibrí berilo) Registros de presencia usados para elaborar el mapa de distribución potencial (Feria-Arroyo et al., 2016)
  
  Archivo de descarga compactado en ZIP. Contiene ESRI Shapefile (SHP) en Coordenadas geográficas WGS84. (EPSG:4326).
  
  Amazilia beryllina (colibrí berilo) Registros de presencia usados para elaborar el mapa de distribución potencial (Feria-Arroyo et al., 2016)
  
  Acceso directo al mapa en el Geoportal de CONABIO. Coordenadas geográficas WGS84. (EPSG:4326)
  
  Página de enciclovida para Amazilia beryllina a nivel de especie
  
  Enlace por idcatalogo 13303AVES en http://enciclovida.mx/especies/
Calidad de la información
1. Precisión de los atributos no espaciales
2. Consistencia lógica
  Gabinete
3. Cobertura del tema
  El modelo se genero con MaxEnt v 3.3.3k, variables climaticas de www.WorldClim.org, una base de datos, y mapas de las ecorregiones.
4. Precisión de los atributos espaciales
5. Procesamiento
  Fuentes:
  
  Hijmans, R. J., S. E. Cameron, J. L. Parra, P. G. Jones, A. Jarvis, (2005), 'Global Climate Data', Escala 1:1000000. versión: 1.4, WorldClim, University of California, Berkeley. U.S.A. Para información de los métodos usados para generar las capas climáticas, las unidades y formato de los datos favor de revisar el siguiente artículo: Hijmans, R.J., S.E. Cameron, J.L. Parra, P.G. Jones and A. Jarvis, 2005. Very high resolution interpolated climate surfaces for global land areas. International Journal of Climatology 25: 1965-1978. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/joc.1276/pdf, www.worldclim.org.
  
  Feria A., P., M. Oyervides, (2016), 'Geographic distribution of lizards (genus Plestiodon) and hummingbirds endemics of México' (Distribución geográfica de lagartijas (género Plestiodon) y colibríes endémicos de México)', versión: 1, University of Texas-Pan American, Ciudad de México, México. Bases de datos SNIB-CONABIO proyecto No. JM007,
  
  American Museum of Natural History, 'MaxEnt v3.3.3 k', Princeton University and The Center of Biodiversity and Conservation, American Museum of natural History, USA. - Steven J. Phillips, Miroslav Dudík, Robert E. Schapire. A maximum entropy approach to species distribution modeling. In Proceedings of the Twenty-First International Conference on Machine Learning, pages 655-662, 2004. https://www.cs.princeton.edu/~schapire/papers/maxent_icml.pdf - Steven J. Phillips, Robert P. Anderson, Robert E. Schapire. Maximum entropy modeling of species geographic distributions. Ecological Modelling, 190:231-259, 2006. (datasets used in this paper are available below) http://www.cs.princeton.edu/~schapire/papers/ecolmod.pdf - Jane Elith, Steven J. Phillips, Trevor Hastie, Miroslav Dudík, Yung En Chee, Colin J. Yates. A statistical explanation of MaxEnt for ecologists. Diversity and Distributions, 17:43-57, 2011. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1472-4642.2010.00725.x/pdf, http://www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent/
  
  TNC, (2003), 'Terrestrial Ecoregions', Escala 1:1000000. The Nature Conservancy, USA.
  Procedimientos:
  
  No aplica: Se depuró la base de datos de los registros de Amazilia beryllina obtenida de CONABIO, REMIB, GBIF y de bases personales de Carlos Lara. Se utilizó el programa MaxEnt 3.3.3k para generar los modelos y el Sistema de Información Geográfica ArcGIS 10.0 para realizar los distintos procesos en la elaboración del dato geográfico. Para la modelación se utilizaron las localidades únicas. Se hizo una selección de las 19 variables de WorldClim (Hijmans et al. 2005) utilizando un análisis de Pearson's en SPSS. Se definió una región de modelado 'M', utilizando como base la regionalización de las ecorregiones (The Nature Conservancy, 2003). La M quedó conformada por todas aquellas ecorregiones en las que se tuvieron colectas para la especie A. beryllina y por áreas aledañas a estos puntos. Se evaluó el desempeño del modelo utilizando la AUC promedio de 11 modelos y por conocimiento experto. Descripción del proceso: Se obtuvieron datos de distribución geográfica de Amazilia beryllina de: (1) bases personales de Carlos Lara (2) bases de datos de CONABIO, (3) bases de datos de GBIF y (4) bases de datos de REMIB. Los datos se revisaron y depuraron considerando los siguientes aspectos: (1) corrección de datos de distribución geográfica errónea; (2) eliminación de datos erróneos si su depuración no es posible; (3) corroboración de datos de taxonomía dudosa; (4) eliminación de datos de taxonomía dudosa que no pudieron ser corroborados o corregidos. Como resultado de este proceso se obtuvieron 929 registros de localidades únicas, que fueron las que se utilizaron en el proceso de modelado. Se seleccionó la región de referencia 'M' a partir del el mapa de ecorregiones (The Nature Conservancy, 2003), la M quedó conformada por todas aquellas ecorregiones en las que se tuvieron colectas para A. beryllina, y áreas aledañas donde no se ha colectado la especie, pero que por la ausencia de barreras geográficas podría encontrarse. La M quedó conformada por las ecorregiones: Sierra Madre Oriental Pine-Oak Forests, Bajio Dry Forests, Central Mexican Matorral, Central American Montane Forests, Chiapas Montane Forests, Chimalapas Montane Forests, Oaxacan Montane Forests, Sinaloan Dry Forests, Southern Pacific Dry Forests, Central Mexican Wetlands, Sierra Madre de Chiapas Moist Forests, Balsas Dry Forests, Central American Dry Forests, Chiapas Depression Dry Forests, Jalisco Dry Forests, Central American Pine Oak Forests, Sierra Madre de Oaxaca Pine-Oak Forests, Motagua Valley Thornscrub, Tehuacan Valley Matorral, Sonoran-Sinaloan Transition Subtropical Dry Forest, Sierra Madre Occidental Pine Oak Forests, Edwards Plateau, Apache Highlands, y Chihuahuan Desert. Para evitar información ambiental redundante se seleccionaron las variables menos correlacionadas por medio de un análisis de Pearson's en SPSS, eliminando variables con r > 0.80 y p-value < 0.05. Las variables seleccionadas para Amazilia beryllina fueron: estacionalidad de la temperatura, precipitación anual, precipitación del periodo más lluvioso, precipitación del periodo más seco, precipitación del trimestre más lluvioso, precipitación del trimestre más cálido, precipitación del trimestre más frio. Para estimar la distribución potencial A. beryllina se utilizó el programa MaxEnt versión 3.3.3.k (Phillips et al. 2006), con los parámetros predefinidos (umbral de convergencia = 105, máximo número de iteraciones = 500, valor de regularización Beta = auto, numero de pseudoausencias = 10,000. Se obtuvieron 11 réplicas de los mapas. El modelo fue evaluado cualitativamente por los expertos de los grupos taxonómico y calculando el área bajo la curva AUC de los gráficos ROC (Fielding y Bell 1997). Se utilizó la opción de 'cross-validation' en MaxEnt. Por lo que se usaron 929 localidades para obtener el modelo y se dejaron 104 localidades para evaluarlo. Esto se repitió. Dado que se obtuvieron 11 réplicas de los mapas, el AUC final es el promedio de las 11 réplicas tanto para los datos de entrenamiento como para los de prueba. En el caso del modelo obtenido para A. beryllina fue de 0.85 (training AUC) y 0.84 (test AUC). Se utilizó el Sistema de Información Geográfica ArcGIS 10.0 para realizar los distintos procesos en la elaboración del dato geográfico de distribución potencial de la especie. El modelo continuo se convirtió a binario utilizando el valor del minimum training presence (0.01202). Para modelar la especie se utilizaron registros de las siguientes subespecies: Amazilia beryllina beryllina, Amazilia beryllina devillei, Amazilia beryllina lichtensteini y Amazilia beryllina viola.
6. Porcentaje del área de estudio cubierta por nubes
Atributos espaciales
1. Representacion espacial
2. Método de representacion espacial
  Vector
3. Información de vectores y puntos
  
  Descripción SDTS (Spatial Data Transfer Standard - Spatial Data Concepts):
  
  Tipo de objetos punto y vectores:
  
  G-polygon
  
  Número de puntos o vectores:
  
  3399
4. Información de imágenes
Sistema de referencia
1. Sistema de coordenadas (horizontal)
  
  Geográficas:
  
  Resolución de la latitud:
  
  0.0174532925199433
  
  Resolución de la longitud:
  
  0.0174532925199433
  
  Unidades de las coordenadas Geográficas:
  
  Decimal degrees
  
  Modelo geodésico:
  
  Datum horizontal:
  
  WGS84
  
  Elipsoide:
  
  WGS84
  
  Semieje mayor:
  
  6378137.000000
  
  Denominador del factor de achatamiento:
  
  298.257224
2. Sistema de coordenadas (vertical)

Atributos no espaciales

Descripción detallada

Nombre: ABE007DPGW.DBF

Definición: Indica como 1 valores de presencia de la especie y como 0 valores de ausencia

Fuente: No conocido

Atributo	Descripción	Fuente [1]	Dominio [2]	Precisión [3]
Value	Numérico	Datos del proyecto	Indica como 1 valores de presencia de la especie y como 0 valores de ausencia.	-

Descripción resumida

Distribución de la información
1. Información de contacto
  
  Subcoordinación de Sistemas de Información Geográfica
  
  ssig@conabio.gob.mx
  
  Subcoordinador de Sistemas de Información Geográfica
  
  Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)
  
  Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, D.F., 14010, México
  
  Teléfono: 50045012 y (fax) 50044931
  
  Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.
2. Nombre de referencia
  abe007dpgw
3. Responsabilidad
  La Subcoordinación de Sistemas de Información Geográfica de la CONABIO solo se hace responsable de la información presentada en el mapa y se deslinda del uso que se le de a la misma.
4. Medios de distribución
  Digitales:
  
  ESRI Shapefile (SHP), 2.28 MB
  http://www.conabio.gob.mx/informacion/gis/maps/geo/abe007dpgw.zip
  
  Google Earth (KML)
  http://www.conabio.gob.mx/informacion/gis/maps/kmz/abe007dpgw.kmz
  
  Precio: Acceso libre sin ningún cargo al público en general.
5. Medios de distribución especiales
6. Requisitos técnicos
  Tener Arc-Info, Arcview o sistemas compatibles, en caso que existan se pueden visualizar en Google Earth KML y/o conexión al servicio WMS.
7. Disponibilidad
Acerca de este documento
1. Fecha de creación o última actualización
  17-05-2016
2. Fecha de última revisión
3. Fecha de la siguiente revisión
4. Información de contacto
  
  Subcoordinación de Sistemas de Información Geográfica
  
  ssig@conabio.gob.mx
  
  Administrador de Metadatos
  
  Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)
  
  Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, D.F., 14010, México
  
  Teléfono: 01 55 5004 5012 y (fax) 50044931
  
  Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.
5. Nombre del estándar de contenido
  FGDC Biological Data Profile of the Content Standard for Digital Geospatial Metadata
6. Versión del estándar de contenido
  FGDC-STD-001.1-1999
7. Uso horario
8. Condiciones de acceso
9. Condiciones de uso
10. Restricciones de seguridad o privacidad
11. Extensiones

Amazilia beryllina (colibrí berilo) Distribución potencial (Feria-Arroyo et al., 2016)

Catálogo de metadatos geográficos. Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad

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