Amazilia viridifrons (colibrí frente verde) Distribución potencial (Feria-Arroyo et al., 2016)

Catálogo de metadatos geográficos. Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad

Autor: Feria-Arroyo, T. P., C. Lara, A. L. Cavazos, M. Oyervides, (2016)

Palabras clave: 2016, Amazilia viridifrons, Aves, Distribución potencial, JM007

Fecha de publicación: 17-05-2016, del metadato 17-05-2016

Descargas: Google Earth (KML), ESRI Shapefile (SHP), Metadatos

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  1. Información de identificación
    1. Referencia
      Información de referencia:
      Autor:
      Feria-Arroyo, T. P., C. Lara, A. L. Cavazos, M. Oyervides, (2016). 'Amazilia viridifrons (colibrí frente verde). Distribución potencial', escala: 1:1000000. The University of Texas-Pan American. Proyecto: JM007, Geographic distribution of lizards (genus Plestiodon) and hummingbirds endemics of México (Distribución geográfica de lagartijas (género Plestiodon) y colibríes endémicos de México). El Proyecto fue financiado por la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO). Ciudad de México, México.
      Fecha de publicación:
      17-05-2016
      Nombre del producto:
      Amazilia viridifrons (colibrí frente verde) Distribución potencial (Feria-Arroyo et al., 2016)
      Formato de representación geográfica:
      Shapefile. Formato vectorial compuesto por 4 archivos (shp, shx, dbf,prj)
      Información complementaria:
      Escala: 1:1000000
      Acceso en línea:
      http://www.conabio.gob.mx/informacion/metadata/gis/avi007dpgw.xml?_httpcache=yes&_xsl=/db/metadata/xsl/fgdc_html.xsl&_indent=no
    2. Descripción
      Resumen:
      Este modelo representa la distribución potencial de la especie Amazilia viridifrons endemica de México, utilizando subcuencas hidrologicas.
      Propósito:
      Este modelo representa la distribución potencial de la especie Amazilia viridifrons endemica de México, utilizando subcuencas hidrologicas.
      Información suplementaria:
      Referencias en la web: http://www.conabio.gob.mx/institucion/cgi-bin/datos.cgi?Letras=JM&Numero=007
    3. Periodo de validez de los datos
      Fecha y hora:
      No aplica
      Vigencia:
      1898-2012
    4. Estado de la información
      Progreso:
      Terminado
      Mantenimiento:
      No planeado
    5. Dominio espacial
      Descripción de la extensión geográfica:
      Sur de México y República de Guatemala
      Coordenadas extremas:
      (Oeste) -100.797538757324, (Este) -90.5558624267578, (Norte) 19.6951484680176, (Sur) 14.5451459884644
    6. Palabras clave
      Tema:
      2016, Amazilia viridifrons, Aves, Distribución potencial, JM007
      Lugar:
      Chiapas, Guerrero, México, Morelos, Oaxaca, Puebla, República de Guatemala, República Mexicana, Tabasco, Tlaxcala, Veracruz de Ignacio de la Llave
    7. Taxonomía
      Palabras clave:
      Tema: Aves, Apodiformes, Trochilidae, Amazilia, Amazilia viridifrons, grünscheitelamazilie, colibrí frente verde, green-fronted hummingbird
      Sistema taxonómico:

      Clasificación:

      Fuente:

      • 'Checklist of North American Birds, 7th Edition'

        19980000. AOU, (1998), 'Checklist of North American Birds, 7th Edition', versión: 7, The American Ornithologist Union, Kansas, USA.

      Procedimiento taxonómico: No conocido

      Cobertura taxonómica:
      Colibries
      Clasificación:

      Animalia: Chordata: Aves: Apodiformes: Trochilidae: Amazilia: (, , )

    8. Herramienta de análisis
    9. Condiciones de acceso
      Sin restricciones
    10. Condiciones de uso

      Importante:

    11. Contacto
    12. Vista previa
      Nombre del recurso:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/20/avi007dpgw
      Descripción:
      171 x 132 píxeles
      Formato:
      image/png
      Nombre del recurso:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/96/avi007dpgw
      Descripción:
      1002 x 774 píxeles
      Formato:
      image/png
    13. Créditos y reconocimientos
    14. Restricciones de uso
    15. Sistema nativo
      SIG ArcMap 10, Windows
    16. Documentos relacionados

      Amazilia viridifrons (colibrí frente verde) Registros de presencia usados para elaborar el mapa de distribución potencial (Feria-Arroyo et al., 2016)

      Archivo de descarga compactado en ZIP. Contiene ESRI Shapefile (SHP) en Coordenadas geográficas WGS84. (EPSG:4326).

      Amazilia viridifrons (colibrí frente verde) Registros de presencia usados para elaborar el mapa de distribución potencial (Feria-Arroyo et al., 2016)

      Acceso directo al mapa en el Geoportal de CONABIO. Coordenadas geográficas WGS84. (EPSG:4326)

      Página de enciclovida para Amazilia viridifrons a nivel de especie

      Enlace por idcatalogo 13310AVES en http://enciclovida.mx/especies/

  2. Calidad de la información
    1. Precisión de los atributos no espaciales
    2. Consistencia lógica
      Gabinete
    3. Cobertura del tema
      El modelo se genero con MaxEnt v 3.3.3k, variables climaticas de www.WorldClim.org, una base de datos, y mapas de las subcuencas hydrologicas.
    4. Precisión de los atributos espaciales
    5. Procesamiento

      Fuentes:

      • American Museum of Natural History, 'MaxEnt v3.3.3 k', Princeton University and The Center of Biodiversity and Conservation, American Museum of natural History, USA. - Steven J. Phillips, Miroslav Dudík, Robert E. Schapire. A maximum entropy approach to species distribution modeling. In Proceedings of the Twenty-First International Conference on Machine Learning, pages 655-662, 2004. https://www.cs.princeton.edu/~schapire/papers/maxent_icml.pdf - Steven J. Phillips, Robert P. Anderson, Robert E. Schapire. Maximum entropy modeling of species geographic distributions. Ecological Modelling, 190:231-259, 2006. (datasets used in this paper are available below) http://www.cs.princeton.edu/~schapire/papers/ecolmod.pdf - Jane Elith, Steven J. Phillips, Trevor Hastie, Miroslav Dudík, Yung En Chee, Colin J. Yates. A statistical explanation of MaxEnt for ecologists. Diversity and Distributions, 17:43-57, 2011. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/j.1472-4642.2010.00725.x/pdf, http://www.cs.princeton.edu/~schapire/maxent/

      • Hijmans, R. J., S. E. Cameron, J. L. Parra, P. G. Jones, A. Jarvis, (2005), 'Global Climate Data', Escala 1:1000000. versión: 1.4, WorldClim, University of California, Berkeley. U.S.A. Para información de los métodos usados para generar las capas climáticas, las unidades y formato de los datos favor de revisar el siguiente artículo: Hijmans, R.J., S.E. Cameron, J.L. Parra, P.G. Jones and A. Jarvis, 2005. Very high resolution interpolated climate surfaces for global land areas. International Journal of Climatology 25: 1965-1978. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/joc.1276/pdf, www.worldclim.org.

      • Feria A., P., M. Oyervides, (2016), 'Geographic distribution of lizards (genus Plestiodon) and hummingbirds endemics of México' (Distribución geográfica de lagartijas (género Plestiodon) y colibríes endémicos de México)', versión: 1, University of Texas-Pan American, Ciudad de México, México. Bases de datos SNIB-CONABIO proyecto No. JM007,

      • CONABIO, (1998), 'Subcuencas hidrológicas', Escala 1:1000000. Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad, México.http://www.conabio.gob.mx/informacion/gis/?vns=gis_root/hidro/chidro/subcu1mgw.

      Procedimientos:

      • No aplica: Se depuró la base de datos de los registros de Amazilia rutila graysoni obtenida de GBIF y de bases personales de Carlos Lara. Se utilizó el programa MaxEnt 3.3.3k para generar los modelos y el Sistema de Información Geográfica ArcGIS 10.0 para realizar los distintos procesos en la elaboración del dato geográfico. Para la modelación se utilizaron las localidades únicas. Se hizo una selección de las 19 variables de WorldClim (Hijmans et al. 2005) utilizando un análisis de Pearson's en SPSS. Se definió una región de modelado 'M', utilizando como base la regionalización de las subcuencas de Mexico (CONABIO, 1998). La M quedó conformada por todas aquellas subcuencas en las que se tuvieron colectas para la especie A. rutila graysoni y por áreas aledañas a estos puntos. Se evaluó el desempeño del modelo utilizando la AUC promedio de 5 modelos y por conocimiento experto. Descripción del proceso: Se obtuvieron datos de distribución geográfica de Amazilia rutila graysoni de: (1) bases personales de Carlos Lara y (2) bases de datos de GBIF. Los datos se revisaron y depuraron considerando los siguientes aspectos: (1) corrección de datos de distribución geográfica errónea; (2) eliminación de datos erróneos si su depuración no es posible; (3) corroboración de datos de taxonomía dudosa; (4) eliminación de datos de taxonomía dudosa que no pudieron ser corroborados o corregidos. Como resultado de este proceso se obtuvieron 5 registros de localidades únicas, que fueron las que se utilizaron en el proceso de modelado. Se seleccionó la región de referencia 'M' a partir del el mapa de subcuencas de Mexico (CONABIO, 1998)),la M quedó conformada por todas aquellas subcuencas en las que se tuvieron colectas para A. rutila graysoni, y áreas aledañas donde no se ha colectado la especie, pero que por la ausencia de barreras geográficas podría encontrarse. La M quedó conformada por las subcuencas: IDCUENCA 159 (islas) que consiste de las islas de Nayarit. Para evitar información ambiental redundante se seleccionaron las variables menos correlacionadas por medio de un análisis de Pearson's en SPSS, eliminando variables con r > 0.80 y p-value < 0.05. Las variables seleccionadas para Amazilia rutila graysoni fueron: estacionalidad de la temperatura, precipitación anual, precipitación del periodo más lluvioso, precipitación del periodo más seco, precipitación del trimestre más lluvioso, precipitación del trimestre más cálido, precipitación del trimestre más frio. Para estimar la distribución potencial A. rutila graysoni se utilizó el programa MaxEnt versión 3.3.3.k (Phillips et al. 2006), con los parámetros predefinidos (umbral de convergencia = 105, máximo número de iteraciones = 500, valor de regularización Beta = auto, numero de pseudoausencias = 10,000. Se obtuvieron 5 réplicas de los mapas. El modelo fue evaluado cualitativamente por los expertos de los grupos taxonómico y calculando el área bajo la curva AUC de los gráficos ROC (Fielding y Bell 1997). Se utilizó la opción de 'cross-validation' en MaxEnt. Por lo que se usaron 5 localidades para obtener el modelo y se dejó 1 localidad para evaluarlo. Esto se repitió. Dado que se obtuvieron 5 réplicas de los mapas, el AUC final es el promedio de las 5 réplicas tanto para los datos de entrenamiento como para los de prueba. En el caso del modelo obtenido para A. rutila graysoni fue de 0.76 (training AUC) y 0.64 (test AUC). Se utilizó el Sistema de Información Geográfica ArcGIS 10.0 para realizar los distintos procesos en la elaboración del dato geográfico de distribución potencial de la especie. El modelo continuo se convirtió a binario utilizando el valor del minimum training presence (0.012728). Para modelar la especie se utilizaron registros de las siguientes subespecies: Amazilia viridifrons viridifrons.

    6. Porcentaje del área de estudio cubierta por nubes
  3. Atributos espaciales
    1. Representacion espacial
    2. Método de representacion espacial
      Vector
    3. Información de vectores y puntos
      Descripción SDTS (Spatial Data Transfer Standard - Spatial Data Concepts):
      Tipo de objetos punto y vectores:
      G-polygon
      Número de puntos o vectores:
      1149
    4. Información de imágenes
  4. Sistema de referencia
    1. Sistema de coordenadas (horizontal)
      Geográficas:
      Resolución de la latitud:
      0.0174532925199433
      Resolución de la longitud:
      0.0174532925199433
      Unidades de las coordenadas Geográficas:
      Decimal degrees
      Modelo geodésico:
      Datum horizontal:
      WGS84
      Elipsoide:
      WGS84
      Semieje mayor:
      6378137.000000
      Denominador del factor de achatamiento:
      298.257224
    2. Sistema de coordenadas (vertical)
  5. Atributos no espaciales
    1. Descripción detallada

      Nombre: AVI007DPGW.DBF

      Definición: Indica como 1 valores de presencia de la especie y como 0 valores de ausencia

      Fuente: No conocido

      Atributo Descripción Fuente [1] Dominio [2] Precisión [3]
      Value Numérico Datos del proyecto Indica como 1 valores de presencia de la especie y como 0 valores de ausencia. -
    2. Descripción resumida
  6. Distribución de la información
    1. Información de contacto

      Subcoordinación de Sistemas de Información Geográfica

      ssig@conabio.gob.mx

      Subcoordinador de Sistemas de Información Geográfica


      Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)

      Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, D.F., 14010, México

      Teléfono: 50045012 y (fax) 50044931

      Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.

    2. Nombre de referencia
      avi007dpgw
    3. Responsabilidad
      La Subcoordinación de Sistemas de Información Geográfica de la CONABIO solo se hace responsable de la información presentada en el mapa y se deslinda del uso que se le de a la misma.
    4. Medios de distribución

      Digitales:

      Precio: Acceso libre sin ningún cargo al público en general.

    5. Medios de distribución especiales
    6. Requisitos técnicos
      Tener Arc-Info, Arcview o sistemas compatibles, en caso que existan se pueden visualizar en Google Earth KML y/o conexión al servicio WMS.
    7. Disponibilidad
  7. Acerca de este documento
    1. Fecha de creación o última actualización
      17-05-2016
    2. Fecha de última revisión
    3. Fecha de la siguiente revisión
    4. Información de contacto

      Subcoordinación de Sistemas de Información Geográfica

      ssig@conabio.gob.mx

      Administrador de Metadatos


      Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)

      Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, D.F., 14010, México

      Teléfono: 01 55 5004 5012 y (fax) 50044931

      Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.

    5. Nombre del estándar de contenido
      FGDC Biological Data Profile of the Content Standard for Digital Geospatial Metadata
    6. Versión del estándar de contenido
      FGDC-STD-001.1-1999
    7. Uso horario
    8. Condiciones de acceso
    9. Condiciones de uso
    10. Restricciones de seguridad o privacidad
    11. Extensiones
COMISIÓN NACIONAL PARA EL CONOCIMIENTO Y USO DE LA BIODIVERSIDAD

Av. Liga Periférico – Insurgentes Sur No. 4903. Col. Parques del Pedregal. Del. Tlalpan. 14010. México, DF. Tel. (55) 5004-5018 y (55) 5004-4938. Correo electrónico ssig@conabio.gob.mx

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