Abies guatemalensis (oyamel). Distribución potencial (Jaramillo-Correa y Martínez-Méndez, 2013)

Catálogo de metadatos geográficos. Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad

Autor: Jaramillo-Correa, J. P. Jaramillo-Correa, J. P., N. Martínez-Méndez, (10/05/2013)

Palabras clave: JM015, 2013, Maxent, Nicho, Abies guatemalensis, Distribución potencial

Fecha de publicación: 10-05-2013, del metadato 10-05-2013

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  1. Información de identificación
    1. Referencia
      Información de referencia:
      Autor:
      Jaramillo-Correa, J. P. Jaramillo-Correa, J. P., N. Martínez-Méndez, (10/05/2013). 'Abies guatemalensis (oyamel). Distribución potencial', escala: 1:1000000. edición: 1. Instituto de Ecología de la Universidad Nacional Autónoma de México. Proyecto: JM015, Modelado de la distribución geográfica de las especies del género Abies presentes en México. El Proyecto fue financiado por la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO).. México, D.F..
      Fecha de publicación:
      10-05-2013
      Nombre del producto:
      Abies guatemalensis (oyamel). Distribución potencial (Jaramillo-Correa y Martínez-Méndez, 2013)
      Formato de representación geográfica:
      Shapefile. Formato vectorial compuesto por 4 archivos (shp, shx, dbf,prj)
      Información complementaria:
      Escala: 1:1000000
      Acceso en línea:
      http://www.conabio.gob.mx/informacion/metadata/gis/agu015dpgw.xml?_httpcache=yes&_xsl=/db/metadata/xsl/fgdc_html.xsl&_indent=no
    2. Descripción
      Resumen:
      El modelo de distribución potencial de Abies guatemalensis se elaboró dentro del proyecto JM015 'Modelación de la distribución geográfica de las especies del género Abies presentes en México', apoyado por CONABIO. El objetivo fue estimar la distribución potencial de la especie, utilizando como insumos los sitios de colecta proporcionados por el Sistema Nacional de Información de la Biodiversidad, datos de las bases del GBIF (The Global Biodiversity Information Facility) y datos de colecta obtenidos por investigadores del Instituto de Ecología de la UNAM y distintas variables climáticas disponibles en Worldclim a una resolución espacial de 30 segundos, además de las capas de Orientación y Pendiente generadas por nosotros. Ambos conjuntos de datos fueron incorporados en el programa Maxent 3.3k para generar el modelo que se presenta en formato logístico utilizando como umbral para marcar la probabilidad más baja de presencia el valor logístico del 'Minimum training presence'.
      Propósito:
      Estimar la distribución potencial de Abies guatemalensis.
      Información suplementaria:
      Del número de sitios utilizados para modelar, (1) se encuentran fuera del modelo. Referencias en la web: http://www.conabio.gob.mx/institucion/cgi-bin/datos.cgi?Letras=JM&Numero=017
    3. Periodo de validez de los datos
      Fecha y hora:
      No aplica
      Vigencia:
      1938 - 2000
    4. Estado de la información
      Progreso:
      Terminado
      Mantenimiento:
      No planeado
    5. Dominio espacial
      Descripción de la extención geográfica:
      República Mexicana y Centroamérica
      Coordenadas extremas:
      (Oeste) -105.683334350586, (Este) -83.5333251953125, (Norte) 25.69167137146, (Sur) 12.9916696548462
    6. Palabras clave
      Tema:
      JM015, 2013, Maxent, Nicho, Abies guatemalensis, Distribución potencial
      Lugar:
      República Mexicana, Belice, Campeche, Chiapas, Coahuila de Zaragoza, Colima, Distrito Federal, República de El Salvador, Guanajuato, República de Guatemala, Guerrero, Hidalgo, República de Honduras, Jalisco, México, Michoacán de Ocampo, Morelos, Nayarit, República de Nicaragua, Nuevo León, Oaxaca, Puebla, Querétaro de Arteaga, Quintana Roo, San Luis Potosí, Tabasco, Tamaulipas, Tlaxcala, Veracruz de Ignacio de la Llave, Zacatecas
    7. Taxonomía
      Palabras clave:
      Tema: Pinopsida, Pinales, Pinaceae, Abies, Abies guatemalensis, oyamel, oyamel, oyamel de jalisco, oyamel de jalisco, pinabete, romerillo, romerito
      Sistema taxonómico:

      Clasificación:

      Fuente:

      • 'Conifer Database (version Jul 2011)'

        20110700. Farjon, A., (2011/07), 'Conifer Database (version Jul 2011)', Julio 2011, Species 2000 & ITIS Catalogue of Life, Reading, UK.

      Procedimiento taxonómico: No conocido

      Clasificación:

      Plantae: Tracheophyta: Pinopsida: Pinales: Pinaceae: Abies: (, , , , , , )

    8. Herramienta de análisis
    9. Condiciones de acceso
      Sin restricciones
    10. Condiciones de uso

      Importante:

    11. Contacto
    12. Vista previa
      Nombre del recurso:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/20/agu015dpgw
      Descripción:
      171 x 132 píxeles
      Formato:
      image/png
      Nombre del recurso:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/96/agu015dpgw
      Descripción:
      1002 x 774 píxeles
      Formato:
      image/png
    13. Créditos y reconocimientos
    14. Restricciones de uso
    15. Sistema nativo
      Maxent 3.3k, ArcMap 10.0, ENMtools 1.3, Statistica 10.0, Dell Alienware X51, Intel Core i5, 2.5 Ghz, RAM 8.0, Windows 7 Home Premium, Service Pack 1, 64 bits
    16. Documentos relacionados
  2. Calidad de la información
    1. Precisión de los atributos no espaciales
    2. Consistencia lógica
      Gabinete
    3. Cobertura del tema
      Se depuró la base de datos de los registros de colecta de Abies guatemalensis eliminando datos repetidos, mal georreferenciados y puntos extremos climáticos y geográficos para elaborar el dato geográfico de la distribución de la especie. Se descargaron 19 variables bioclimáticas disponibles en Worldclim a una resolución espacial de 30 segundos y se elaboraron adicionalmente capas de Orientación y Pendiente a la misma resolución. Se utilizó el programa ArcMap 10 para construir las capas topográficas adicionales por medio de un modelo digital de elevación (DEM), el programa también se utilizó para el posterior recorte de estas capas junto con las de Worldclim en un área M adecuada para la especie. Por medio del programa ENMtools se determinó cuáles capas tenían una alta correlación, posteriormente se utilizó Maxent 3.3k para generar modelos de distribución potencial preliminar con distintos sets de variables, y esta información junto con la de un análisis de componentes principales realizado con el paquete STATISTCA ayudó a determinar que capas sin alta correlación son las más importantes y que contribuyen más para la construcción del modelo de distribución. Las variables utilizadas en este modelo fueron: altitud, orientación, BIO2, BIO4, BIO5,BIO6, BIO13 y BIO18. La región geográfica para definir el área M se recortó por la coincidencia de los puntos de colecta con alguna de las ecorregiones terrestres presentes en México (Olson et al. 2001.Terrestrial Ecoregions of the World) y que coincidió en su totalidad con zonas montañosas templadas. Las ecorregiones son: Veracruz montane forests, Veracruz moist forests, Bajío dry forests, Balsas dry forests, Central American Atlantic moist forests, Central American montane forests, Central American pine-oak forests, Chiapas montane forests, Jalisco dry forests, Oaxacan montane forests, Petén-Veracruz moist forests, Sierra Madre de Chiapas moist forests, Sierra Madre de Oaxaca pine-oak forests, Sierra Madre del Sur pine-oak forests, Sierra Madre Oriental pine-oak forests, Tamaulipan matorral, Tehuacán Valley matorral y Trans-Mexican Volcanic Belt pine-oak forests. Se empleó el método de la ROC parcial con 1000 réplicas de bootstrap como método de evaluación global del modelo.
    4. Precisión de los atributos espaciales
    5. Procesamiento

      Fuentes:

      • GBIF, (2005), 'Global Bodiversity Information Facility', Universitetsparken, Copenhagen, Acceso libre y gratuito a los datos de biodiversidad, www.gbif.org/species, http://www.gbif.org/

      • Hijmans, R. J., S. E. Cameron, J. L. Parra, P.G. Jones, A. Jarvis, Richardson, K., (2005), 'Global Climate Data', Escala 1:1000000. 1.4, WorldClim, Para información de los métodos usados para generar las capas climáticas, las unidades y formato de los datos favor de revisar el siguiente artículo: Hijmans, R.J., S.E. Cameron, J.L. Parra, P.G. Jones and A. Jarvis, 2005. Very high resolution interpolated climate surfaces for global land areas. International Journal of Climatology 25: 1965-1978. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/joc.1276/pdf, http://www.worldclim.org/, University of California, Berkeley. U.S.A..

      • I. Itoua, Y. Kura, E. D. Wikramanayake, H. E. Strand, J. F. Lamoreux, N. D. Burgess, J. C. Morrison, W. W. Wettengel, G. V. N. Powell, C. J. Loucks, P. Hedao, E. C. Underwood, T. F. Allnutt, K. R. Kassem, Olson, D. M., J. A. D'Amico, T. H. Ricketts, E. Dinerstein, (2001), 'Terrestrial Ecoregions of the World (TEOW)', 2.0, World Wildlife Fund, La información sobre los métodos usados para generar las capas de las Ecorregiones Terrestres del mundo se puede consultar en:Olson, D.M., E. Dinerstein, E.D. Wikramanayake, N.D. Burgess, G.V.N. Powell, E.C. Underwood J.A. D' Amico, I. Itoua, H.E. Strand, J.C. Morrison, C.J. Loucks, T.F. Allnutt, T.H. Ricketts, Y. Kura, J.F. Lamoreux, W.W. Wettengel, P. Hedao y K.R. Kassem. 2001. Terrestial ecoregions of the world: A new map of life on earth. BioScience 51: 933-938., http://worldwildlife.org/publications/terrestrial-ecoregions-of-the-world, Washington, DC.

      • Eguiarte Fruns, L. E., Furnier, G. R., (1997), 'Bases de datos SNIB2010-CONABIO proyecto No. B138.', 1, Instituto de Ecología de la Universidad Nacional Autónoma de México, Datos pertenecientes al sistema de Información sobre la Biodiversidad, México, D.F..

      Procedimientos:

      • No aplica: Se revisó y depuró la base de datos con la ubicación geográfica de la especie para eliminar datos repetidos, mal georeferenciados y aquellos correspondientes a puntos extremos geográficos, es decir, registros identificados como parte de la especie pero que no corresponden con la distribución natural del taxón. La determinación de puntos atípicos climáticos se realizó en DIVA-GIS por medio del método de Reverse jackknife. Al final se conservaron 53 registros para el modelado de la especie. Con el objetivo de determinar cuáles variables bioclimáticas son las más adecuadas para modelar la distribución de Abies guatemalensis se realizó un análisis de correlación con ENMtools para determinar aquellas variables que están estrechamente correlacionadas (R = 0.9). Las variables seleccionadas para la generación de los modelos fueron aquellas que no guardan relación con ninguna otra (R < 0.9). En el caso de variables correlacionadas se seleccionó aquellas variables que pudieran ser más fácilmente interpretadas. Además se corrieron análisis con Maxent 3.3k con distintos sets de variables para explorar las curvas de respuesta de las variables, y así como para tener el análisis de contribución de variables implementado en el programa (jackknife test of variable importance), con estos datos se determinó que conjunto de variables no correlacionadas contribuyen más al modelo. Adicionalmente y para ayudarnos a discernir la importancia de algunas pocas variables se extrajo la información climática de cada uno de los puntos para las 19 variables climáticas disponibles en Worldclim y de las capas de Orientación y Pendiente a una resolución espacial de 30 segundos, los cuales fueron transformados a LN para realizar un análisis de componentes principales. El área M sobre la cual se generaría el modelo se delimitó a partir de las ecorregiones terrestres en que se distribuye la especie. Se incorporaron los datos geográficos de la distribución de la especie y las variables climáticas seleccionadas al programa Maxent 3.3k para generar el modelo de distribución geográfica, cuyos parámetros de elaboración fueron: Salida de tipo logística, 75% de puntos de entrenamiento, 25% de puntos de prueba, selección de localidades únicas, no Clamping y no extrapolación. El archivo tipo ASCII generado por el programa Maxent fue importado al programa ArcMap 10.0 para hacer un corte utilizando el 'Minimum training presence' y obtener el modelo de distribución potencial. Finalmente el anális de ROC parcial arrojó que todos las proporciones AUC para todas las repeticiones fueron mayores a 1, por lo que el modelo es estadísticamente mejor que el azar. El modelo continuo se convirtió a binario usando como umbral de corte el 10 percentile training presence con un valor de 0.153537.

    6. Porcentaje del área de estudio cubierta por nubes
  3. Atributos espaciales
    1. Representacion espacial
    2. Método de representacion espacial
      Vector
    3. Información de vectores y puntos
      Descripción SDTS (Spatial Data Transfer Standard - Spatial Data Concepts):
      Tipo de objetos punto y vectores:
      G-polygon
      Número de puntos o vectores:
      9128
    4. Información de imágenes
  4. Sistema de referencia
    1. Sistema de coordenadas (horizontal)
      Geográficas:
      Resolución de la latitud:
      0.0174532925199433
      Resolución de la longitud:
      0.0174532925199433
      Unidades de las coordenadas Geográficas:
      Decimal degrees
      Modelo geodésico:
      Datum horizontal:
      WGS84
      Elipsoide:
      WGS84
      Semieje mayor:
      6378137.000000
      Denominador del factor de achatamiento:
      298.257224
    2. Sistema de coordenadas (vertical)
  5. Atributos no espaciales
    1. Descripción detallada

      Nombre: AGU015DPGW.DBF

      Definición: La tabla indica como 1 valores de presencia de la especie y como 0 valores de ausencia

      Fuente: No conocido

      Atributo Descripción Fuente [1] Dominio [2] Precisión [3]
      Value Numérico Datos del proyecto Indica como 1 valores de presencia de la especie y como 0 valores de ausencia -
    2. Descripción resumida
  6. Distribución de la información
    1. Información de contacto

      Jose Manuel Davila Rosas

      jdavila@conabio.gob.mx

      Subcoordinador de Sistemas de Información Geográfica


      Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad

      Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, D.F., 14010, México

      Teléfono: 50045012 y (fax) 50044931

      Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.

    2. Nombre de referencia
      agu015dpgw
    3. Responsabilidad
      La Subdirección de Sistemas de Información Geográfica de la CONABIO solo se hace responsable de la información presentada en el mapa y se deslinda del uso que se le de a la misma.
    4. Medios de distribución

      Digitales:

      Precio: Acceso libre sin ningún cargo al público en general.

    5. Medios de distribución especiales
    6. Requisitos técnicos
      Tener Arc-Info, Arcview o sistemas compatibles, en caso que existan se pueden visualizar en Google Earth KML y/o conexión al servicio WMS.
    7. Disponibilidad
  7. Acerca de este documento
    1. Fecha de creación o última actualización
      10-05-2013
    2. Fecha de última revisión
    3. Fecha de la siguiente revisión
    4. Información de contacto

      Estrella Cruz Reyes

      ecruz@conabio.gob.mx

      Administrador de Metadatos


      Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad

      Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, D.F., 14010, México

      Teléfono: 01 55 5004 4963 y (fax) 50044931

      Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.

    5. Nombre del estándar de contenido
      FGDC Biological Data Profile of the Content Standard for Digital Geospatial Metadata
    6. Versión del estándar de contenido
      FGDC-STD-001.1-1999
    7. Uso horario
    8. Condiciones de acceso
    9. Condiciones de uso
    10. Restricciones de seguridad o privacidad
    11. Extensiones
COMISIÓN NACIONAL PARA EL CONOCIMIENTO Y USO DE LA BIODIVERSIDAD

Av. Liga Periférico – Insurgentes Sur No. 4903. Col. Parques del Pedregal. Del. Tlalpan. 14010. México, DF. Tel. (55) 5004-5018 y (55) 5004-4938. Correo electrónico ssig@conabio.gob.mx

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