Amazona oratrix (loro cabeza amarilla). Distribución potencial actual con MaxEnt (Monterrubio et al. 2013)

Catálogo de metadatos geográficos. Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad

Autor: Monterrubio-Rico, T. C., J. F. Charre-Medellín, (15/06/2013)

Palabras clave: JM018, 2013, Amazona oratrix, Distribucion potencial actual, Psitácidos

Fecha de publicación: 30-05-2013, del metadato 30-05-2013

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  1. Información de identificación
    1. Referencia
      Información de referencia:
      Autor:
      Monterrubio-Rico, T. C., J. F. Charre-Medellín, (15/06/2013). 'Amazona oratrix (loro cabeza amarilla). Distribución potencial actual con MaxEnt.', escala: 1:1000000. Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo. Proyecto: JM018, Distribución potencial de las especies de la familia Psittacidae en México. El Proyecto fue financiado por la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO). México.
      Fecha de publicación:
      30-05-2013
      Nombre del producto:
      Amazona oratrix (loro cabeza amarilla). Distribución potencial actual con MaxEnt (Monterrubio et al. 2013)
      Formato de representación geográfica:
      Shapefile. Formato vectorial compuesto por 4 archivos (shp, shx, dbf,prj)
      Información complementaria:
      Escala: 1:1000000
      Acceso en línea:
      http://www.conabio.gob.mx/informacion/metadata/gis/aor018dpagw.xml?_httpcache=yes&_xsl=/db/metadata/xsl/fgdc_html.xsl&_indent=no
    2. Descripción
      Resumen:
      El modelo de distribución potencial actual de Amazona oratrix, se elaboró dentro del proyecto JM018 'Distribución potencial de las especies de la familia Psittacidae en México', el objetivo fue estimar la distribución potencial actual de la especie, a partir de la distribución potencial histórica generada dentro de este proyecto para la especie mediante MaxEnt. La distribución potencial actual fue delimitada a partir del Inventario Nacional Forestal 2010, para considerar solo como áreas de distribución potencial actual, aquellas que en la literatura científica se describen como el hábitat arbóreo que tiene uso confirmado o potencial por la especie y eliminando la superficie de los municipios donde a partir de trabajo de campo reciente, no se ha confirmado la presencia de la especie.
      Propósito:
      Modelar la distribución potencial actual de Amazona oratrix con MaxEnt
      Información suplementaria:
      Referencias en la web: http://www.conabio.gob.mx/institucion/cgi-bin/datos.cgi?Letras=JM&Numero=18
    3. Periodo de validez de los datos
      Fecha y hora:
      No aplica
      Vigencia:
      1868-2012
    4. Estado de la información
      Progreso:
      Terminado
      Mantenimiento:
      No planeado
    5. Dominio espacial
      Descripción de la extención geográfica:
      República Mexicana
      Coordenadas extremas:
      (Oeste) -105.202323913574, (Este) -90.8023147583008, (Norte) 25.1250114440918, (Sur) 15.6666765213013
    6. Palabras clave
      Tema:
      JM018, 2013, Amazona oratrix, Distribucion potencial actual, Psitácidos
      Lugar:
      Campeche, Chiapas, Colima, Guerrero, Hidalgo, Jalisco, Michoacán de Ocampo, Nuevo León, Oaxaca, Puebla, Querétaro, San Luis Potosí, Tabasco, Tamaulipas, Veracruz de Ignacio de la Llave, Guatemala, República Mexicana
    7. Taxonomía
      Palabras clave:
      Tema: Aves, Psittaciformes, Psittacidae, Amazona, Amazona oratrix, loro cabeza amarilla
      Sistema taxonómico:

      Clasificación:

      Fuente:

      • 'Check-list of Noth American Birds'

        19980000. AOU, (1998), 'Check-list of Noth American Birds', 7, American Ornithologists' Union, Los nombres científicos y el arreglo taxonómico corresponden al establecido por la Unión de Ornitólogos Americanos en la AOU Check-list of North American Birds (AOU 1998) y posteriores suplementos, Lawrence, KS., USA.

      Procedimiento taxonómico: No conocido

      Cobertura taxonómica:
      Psittacidae
      Clasificación:

      Animalia: Chordata: Aves: Psittaciformes: Psittacidae: Amazona: ()

    8. Herramienta de análisis
    9. Condiciones de acceso
      Sin restricciones
    10. Condiciones de uso

      Importante:

    11. Contacto
    12. Vista previa
      Nombre del recurso:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/20/aor018dpagw
      Descripción:
      171 x 132 píxeles
      Formato:
      image/png
      Nombre del recurso:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/96/aor018dpagw
      Descripción:
      1002 x 774 píxeles
      Formato:
      image/png
    13. Créditos y reconocimientos
    14. Restricciones de uso
    15. Sistema nativo
      SIG ArcView, Windows 7 Home Premium 64 bits
    16. Documentos relacionados
  2. Calidad de la información
    1. Precisión de los atributos no espaciales
    2. Consistencia lógica
      Gabinete
    3. Cobertura del tema
      La distribución potencial actual fue aproximada a partir de la distribución potencial histórica (área ocupada históricamente), para lo cual se integró una base de datos de Amazona oratrix, que fue revisada geográfica y ambientalmente para eliminar los registros que no coincidieran con lo reconocido para la especie. El conjunto de coordenadas fue dividido en dos subconjuntos siguiendo un criterio de bandas latitudinales para así obtener un subconjunto para modelar y otro para validar. El área a modelar (m) se obtuvo con base en la dispersión geográfica de los datos y su asociación a cuencas hidrológicas. Las cuencas que se usaron son: Río San Fernando, Laguna Madre, Soto La Marina, Río Tamesí, Lago de San Andrés-Lago Morales, Río Tamuín, Río Pánuco, Laguna de Tamiahua, Río Moctezuma, Río Tuxpan, Río Cazones, Río Cuale-Pitillal, Río Tecolutla, Río Tomatlán-Tecuán, Río Armería, Río Nautla y otros, Río San Nicolás-Cuitzamala, Río Tepalcatepec, Río Coahuayana, Río Chacala-Purificación, Río Tepalcatepec-Infiernillo, Río Jamapa y otros, Río Papaloapan, Río Cachán o Cualcomán y otros, Río Balsas-Zirándalo, Río Balsas-Infiernillo, Laguna de Términos, Río Nexpe y otros, Río Balsas-Mezcala, Río Chixoy, Río Grijalva-Villa Hermosa, Río Tonalá y Lagunas del Carmen y Machona, Río Coatzacoalcos, Río Ixtapa y otros, Río Coyuquilla y otros, Río Atoyac y otros, Río Papagayo, Río Atoyac-B, Río Omotepec o Grande, Río Nexpa y otros, y Río Tehuantepec. Se usaron las variables climáticas de Worldclim con correlación promedio menor a 25%, que en este caso fueron oscilación diurna de la temperatura, estacionalidad de la temperatura, temperatura máxima promedio del periodo más cálido, oscilación anual de la temperatura, temperatura promedio del trimestre más lluvioso, temperatura promedio del trimestre más cálido, precipitación del periodo más lluvioso, estacionalidad de la precipitación, precipitación del trimestre más lluvioso y precipitación del trimestre más cálido. Se usó el software MaxEnt. El modelo fue evaluado con el método de 'ROC parcial' usando el programa Tool for Partial-ROC versión 1.0. El archivo de salida fue reclasificado para obtener solo dos categorías, una de presencia y otra de ausencia. El modelo reclasificado fue recortado con archivos vectoriales de municipios para eliminar áreas sobrestimadas por efecto del área usada para modelar. La distribución potencial actual fue delimitada usando con el tipo de vegetación arbórea y datos de municipios con presencia confirmada actual.
    4. Precisión de los atributos espaciales
    5. Procesamiento

      Fuentes:

      • Hijmans, R. J., S. Cameron, J. L. Parra, P. Jones, A. Jarvis, K. Richardson, (2005), 'Global Climate Data', Escala 1:1000000. 1.4, WorldClim, Para información de los métodos usados para generar las capas climáticas y las unidades y formato de los datos revisar el siguiente artículo: Hijmans, R.J., S.E. Cameron, J.L. Parra, P.G. Jones and A. Jarvis, 2005. Very high resolution interpolated climate surfaces for global land areas. International Journal of Climatology 25: 1965-1978., http://www.worldclim.org, University of California, Berkeley. U.S.A..

      • CNA, (2005), 'Cuencas hidrológicas', Escala 1:250000. Comisión Nacional del Agua, http://www.conabio.gob.mx/informacion/gis/, México.

      • INEGI, (2005), 'Carta de Uso de Suelo y Vegetación Serie IV', Escala 1:250000. Instituto Nacional de Estadística, Geografía e Informática, México.

      • INEGI, (2005), 'Marco Geoestadístico Nacional', Escala 1:250000. 1.0, Instituto Nacional de Estadística, Geografía e Informática, México.

      • Monterrubio-Rico, T. C., J. F. Charre-Medellín, (2013/06/15), 'Distribución potencial de las especies de la familia Psittacidae en México.', 1, Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo, Facultad de Biología, Universidad Michoacana de San Nicolás de Hidalgo. Proyecto No. JM018, Michoacán, México..

      • GBIF, (2005), 'Avian Knowledge NetWork.', Global Biodiversity Information Facility, Datos pertenecientes al Sistema Nacional de Biodiversidad, www.gbif.org, México.

      Procedimientos:

      • No aplica: Primeramente se estimó la distribución potencial histórica (área ocupada históricamente) y a partir de esta fue generada la distribución potencial actual, para lo cual se integró una base de Amazona oratrix con 227 datos. Los datos fueron visualizados y convertidos a un archivo de formato shapefile en ArcMap Version 9.3 para revisar y eliminar los registros dudosos o fuera de la distribución general reconocida, posteriormente se extrajo la información ambiental de cada dato sobre las 19 variables de Worldclim y se exportó a un formato de hoja de cálculo para graficarla y revisar la distribución de los datos, y eliminar los registros claramente fuera de los intervalos ambientales reconocidos en la literatura así como de acuerdo al conocimiento de expertos en el tema. El conjunto de datos depurados final fue de 227 coordenadas únicas. Posteriormente el conjunto de datos fue convertido a un formato shapefile y visualizado en el SIG para separar dos subconjuntos de datos que se dividieron siguiendo un criterio de bandas latitudinales de 15 km de ancho, seleccionando los datos por bandas alternadas, para usar 49.34% para modelar y 50.66% para validar. El área a modelar (m) se obtuvo con base en la dispersión geográfica de los datos y su asociación a cuencas hidrológicas, el archivo vectorial generado fue usado para acotar la información de las variables climáticas. Se usaron las variables climáticas de Worldclim con correlación promedio menor a 25%. Las variables fueron convertidas de un formato raster a un formato ASCII grid. Se usó el software MaxEnt, versión 3.3.3. El porcentaje de registros usados para entrenamiento del modelo fue de 100%. Se activaron las opciones 'Create response curves' y 'Do jacknife to measure variable importance'. En Settings (Advanced) se desactivó la opción 'Do campling'. El formato de salida seleccionado fue 'Logistic, el modelo de salida fue convertido a raster. El modelo fue evaluado con el método de 'ROC parcial', usando el programa Tool for Partial-ROC versión 1.0. Los dos subconjuntos de datos separados (archivos de presencia) fueron contrastados con el modelo reclasificado en probabilidades, para obtener los valores sobre los que coinciden los puntos (valor de adecuación). También se extrajo el número de objetos asociados a los distintos valores de adecuación, dividido entre el total de objetos del modelo. Los archivos se prepararon en formato CSV. Se usó una proporción de puntos para 'Bootstrap' de 50%, el número de muestra con remplazo fue de 1000, y el umbral de omisión usado fue de 95%. Se promedió el valor de radio de las 1000 iteraciones de los datos usados para el entrenamiento y prueba de los modelos, y se calculó la probabilidad de que el valor fuera menor o igual a 1, mediante una prueba de z. Se consideran buenos modelos, aquellos cuyos valores promedio de radio sean mayores a 1 y con probabilidad de 0. Se hizo una reclasificación para convertir el modelo en binario, para lo que se consideraron los valores de omisión y comisión, para lo cual se usó un valor de corte de 0.14 correspondiente a 'Minimum training presence', para así obtener un archivo raster con solo dos categorías: presencia y ausencia. Después de la reclasificación, se eliminaron áreas de presencia que excedieron los límites de la dispersión de los datos, para lo cual se usaron archivos vectoriales de municipios. La distribución potencial actual fue estimada a partir de la distribución potencial histórica, y fue delimitada con el tipo de vegetación del Inventario Forestal Nacional Serie IV para considerar sólo como áreas de distribución aquellas que en la literatura científica y de acuerdo a observaciones recientes se describen como el hábitat arbóreo que tiene uso confirmado o potencial por la especie. Se seleccionaron los archivos vectoriales correspondientes a la vegetación arbórea y se separó del archivo completo de vegetación, posteriormente se usó para extraer las áreas que coincidieran en la distribución potencial histórica. Usando archivos vectoriales municipales se eliminaron áreas donde, de acuerdo a la literatura, y a muestreos recientes de campo no se reporta la presencia de la especie.

    6. Porcentaje del área de estudio cubierta por nubes
  3. Atributos espaciales
    1. Representacion espacial
    2. Método de representacion espacial
      Vector
    3. Información de vectores y puntos
      Descripción SDTS (Spatial Data Transfer Standard - Spatial Data Concepts):
      Tipo de objetos punto y vectores:
      G-polygon
      Número de puntos o vectores:
      5086
    4. Información de imágenes
  4. Sistema de referencia
    1. Sistema de coordenadas (horizontal)
      Geográficas:
      Resolución de la latitud:
      0.0174532925199433
      Resolución de la longitud:
      0.0174532925199433
      Unidades de las coordenadas Geográficas:
      Decimal degrees
      Modelo geodésico:
      Datum horizontal:
      WGS84
      Elipsoide:
      WGS84
      Semieje mayor:
      6378137.000000
      Denominador del factor de achatamiento:
      298.257224
    2. Sistema de coordenadas (vertical)
  5. Atributos no espaciales
    1. Descripción detallada

      Nombre: AOR018DPAGW.DBF

      Definición: La tabla contiene valores de 0 equivalente a ausencia y 1 a presencia de la especie.

      Fuente: No conocido

      Atributo Descripción Fuente [1] Dominio [2] Precisión [3]
      Value Numérico Datos del proyecto Indica como 1 valores de presencia de la especie y como 0 valores de ausencia -
    2. Descripción resumida
  6. Distribución de la información
    1. Información de contacto

      Jose Manuel Davila Rosas

      jdavila@conabio.gob.mx

      Subcoordinador de Sistemas de Información Geográfica


      Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad

      Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, D.F., 14010, México

      Teléfono: 50045012 y (fax) 50044931

      Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.

    2. Nombre de referencia
      aor018dpagw
    3. Responsabilidad
      La Subdirección de Sistemas de Información Geográfica de la CONABIO solo se hace responsable de la información presentada en el mapa y se deslinda del uso que se le de a la misma.
    4. Medios de distribución

      Digitales:

      Precio: Acceso libre sin ningún cargo al público en general.

    5. Medios de distribución especiales
    6. Requisitos técnicos
      Tener Arc-Info, Arcview o sistemas compatibles, en caso que existan se pueden visualizar en Google Earth KML y/o conexión al servicio WMS.
    7. Disponibilidad
  7. Acerca de este documento
    1. Fecha de creación o última actualización
      30-05-2013
    2. Fecha de última revisión
    3. Fecha de la siguiente revisión
    4. Información de contacto

      Rocío López

      ssig@conabio.gob.mx

      Administrador de Metadatos


      Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad

      Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, D.F., 14010, México

      Teléfono: 01 55 5004 5018 y (fax) 50044931

      Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.

    5. Nombre del estándar de contenido
      FGDC Biological Data Profile of the Content Standard for Digital Geospatial Metadata
    6. Versión del estándar de contenido
      FGDC-STD-001.1-1999
    7. Uso horario
    8. Condiciones de acceso
    9. Condiciones de uso
    10. Restricciones de seguridad o privacidad
    11. Extensiones
COMISIÓN NACIONAL PARA EL CONOCIMIENTO Y USO DE LA BIODIVERSIDAD

Av. Liga Periférico – Insurgentes Sur No. 4903. Col. Parques del Pedregal. Del. Tlalpan. 14010. México, DF. Tel. (55) 5004-5018 y (55) 5004-4938. Correo electrónico ssig@conabio.gob.mx

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