Gossypium hirsutum. Metapoblaciones del algodón silvestre en México (CONABIO, 2015)

Catálogo de metadatos geográficos. Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad

Autor: CONABIO, (2015)

Palabras clave: 2015, Algodón silvestre, Diversidad genética, Gossypium hirsutum, Metapoblaciones, Tetraploide

Fecha de publicación: 01-04-2020, del metadato 01-04-2020

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  1. Información de identificación
    1. Referencia
      Información de referencia:
      Autor:
      CONABIO, (2015). 'Gossypium hirsutum. Metapoblaciones del algodón silvestre en México', escala: 1:1000000. edición: 1. Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad. Validación de información de registros biológicos y de mapas de distribución puntual y de los modelos de áreas de distribución potencial de las especies del género Gossypium en México. Ciudad de México, México.
      Fecha de publicación:
      01-04-2020
      Nombre del producto:
      Gossypium hirsutum. Metapoblaciones del algodón silvestre en México (CONABIO, 2015)
      Formato de representación geográfica:
      Shapefile. Formato vectorial compuesto por 4 archivos (shp, shx, dbf, prj)
      Información complementaria:
      Escala: 1:1000000
      Acceso en línea:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/metadatos/doc/html/metapoblgw.html
    2. Descripción
      Resumen:
      El mapa representa las metapoblaciones de la especie Gossypium hirsutum, el cual, fue generada partir de las observaciones de la estructura genética, utilizando un análisis bayesiano BAPS v5.2, por sus siglas en inglés, Bayesian Analysis of Population Structure y el modelo de nicho ecológico de la especie del algodón silvestre Gossypium hirsutum. Las metapoblaciones son ensamblajes de las poblaciones existentes en un equilibrio entre extinción, colonización y recolonización (Levins 1969; Hanski y Gaggiotti 2004). El concepto de metapoblación en plantas es restrictivo a los siguientes criterios (Hanski 1998; Freckleton y Watkinson 2002): 1) los hábitats adecuados de la metapoblación son parches separados espacialmente; 2) todos los parches pueden extinguirse, pero no al mismo tiempo; y 3) la recolonización de cada parche después de la extinción local es posible (Honnay et al., 2009). El mapa final contiene 23,698 polígonos definidos por la coincidencia espacial con las celdas raster individuales o bien a un cúmulo de celdas adyacentes de las coberturas raster que fueron tomadas como insumo base (Modelo de distribución potencial de Gossypium hirsutum). El modelo de distribución potencial, se generó a partir de registros de presencia obtenidos del Herbario Nacional (MEXU) y 23 variables climáticas de WordlClim. Para modelar, se utilizó el algoritmo GARP (Genetic Algorithm for Rule-set Production), está paquetería permite realizar estudios sobre la biodiversidad, ya que facilita la investigación ecológica, de forma que el usuario puede predecir y analizar la distribución espacial de las especies silvestres. Para mayor información acerca del origen de los conceptos favor de revisar el archivo https://www.biodiversidad.gob.mx/media/1/genes/files/Wegier2013_AR.pdf
      Propósito:
      Dar a conocer la distribución de las metapoblaciones del algodón silvestre Gossypium hirsutum en México.
      Información suplementaria:
      El modelo de distribución potencial de la especie Gossypium hirsutum, que fue la base para identificar el conjunto de metapoblaciones pertenecientes a la especie, fue generado por el Biól. Jesús Alarcón Guerrero, Especialista de Información Espacial de la CONABIO, a partir de los datos de distribución de la especie seleccionados por la especialista, Dra. Ana Laura Wegier Briuolo. Referencias en la web: https://www.biodiversidad.gob.mx/media/1/genes/files/Informe_Final_Gossypium.pdf
    3. Periodo de validez de los datos
      Fecha y hora:
      No aplica
      Vigencia:
      No aplica
    4. Estado de la información
      Progreso:
      Terminado
      Mantenimiento:
      No planeado
    5. Dominio espacial
      Descripción de la extensión geográfica:
      República Mexicana
      Coordenadas extremas:
      (Oeste) -110.55754121627, (Este) -86.75754121627, (Norte) 25.198435793962, (Sur) 14.566435793962
    6. Palabras clave
      Tema:
      2015, Algodón silvestre, Diversidad genética, Gossypium hirsutum, Metapoblaciones, Tetraploide
      Lugar:
      Baja California Sur, Belize, Campeche, Colima, Chiapas, Durango, Guatemala, Guerrero, Hidalgo, Jalisco, Michoacán de Ocampo, Nayarit, Oaxaca, Puebla, Quintana Roo, República Mexicana, San Luis Potosí, Sinaloa, Tabasco, Tamaulipas, Veracruz de Ignacio de la Llave, Yucatán
    7. Taxonomía
      Palabras clave:
      Tema: Magnoliopsida, Malvales, Malvaceae, Gossypium, Gossypium hirsutum, Algodón
      Sistema taxonómico:

      Clasificación:

      Fuente:

      • 'An Integrated System of Classification of Flowering Plants.'

        19810000. Cronquist, A., (1981), 'An Integrated System of Classification of Flowering Plants.', Columbia University Press., New York, Estados Unidos.

      Procedimiento taxonómico: No conocido

      Clasificación:

      Plantae: Magnoliophyta: Magnoliopsida: Malvales: Malvaceae: Gossypium: ()

    8. Herramienta de análisis
    9. Condiciones de acceso
      Sin restricciones
    10. Condiciones de uso

      Importante:

    11. Contacto
    12. Vista previa
      Nombre del recurso:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/20/metapoblgw
      Descripción:
      171 x 132 píxeles
      Formato:
      image/png
      Nombre del recurso:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/96/metapoblgw
      Descripción:
      1002 x 774 píxeles
      Formato:
      image/png
    13. Créditos y reconocimientos
    14. Restricciones de uso
    15. Sistema nativo
      DesktopGarp, ArcGIS Desktop - ArcMap 10.2, Windows.
    16. Documentos relacionados
  2. Calidad de la información
    1. Precisión de los atributos no espaciales
    2. Consistencia lógica
      Campo y Gabinete
    3. Cobertura del tema
      El mapa de Metapoblaciones se elaboró a partir del modelo de distribución potencial de la especie Gossypium hirsutum, para ello, se utilizó el análisis bayesiano BAPS v5.2 (Bayesian Analysis of Population Structure) este software inferiré en la estructura genética de la población utilizando la secuencia de ADN o de datos de marcadores moleculares. El mapa de distribución potencial de la especie Gossypium hirsutum, se generó a partir de los registros de presencia obtenidos del Herbario Nacional (MEXU), se cotejaron los registros proporcionados por la CONABIO provenientes del SNIB con los ejemplares depositados en el herbario MEXU y se seleccionaron los ejemplares mejor curados, es decir, ejemplares cuya determinación fue realizada por un especialista. Se utilizaron 23 variables bioclimáticas pertenecientes a WorldClim. Para la modelación se utilizó el software GARP (por sus siglas en inglés Genetic Algorithm for Production).
    4. Precisión de los atributos espaciales
    5. Procesamiento

      Fuentes:

      • IBUNAM, (1915), 'Herbario Nacional de México (MEXU)', Instituto de Biología, Universidad Nacional Autónoma de México, Ciudad de México, México.http://datosabiertos.unam.mx/biodiversidad/ http://unibio.unam.mx/

      • Hijmans, R. J., S.E. Cameron, J.L. Parra, P.G. Jones, A. Jarvis, (2005), 'Global Climate Data', Escala 1:1000000. versión: 1.4, University of California, Berkeley. U.S.A., United States of America, CA. Para mayor información acerca de los métodos utilizados para generar las capas climáticas de las unidades y del formato de los datos favor de revisar el siguiente artículo: Hijmans, R.J., S.E. Cameron, J.L. Parra, P.G. Jones and A. Jarvis, 2005. Very high resolution interpolated climate surfaces for global land areas. International Journal of Climatology 25: 1965-1978. http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/joc.1276/pdf, http://worldclim.org/

      • CONABIO, (1997), 'Provincias biogeográficas de México', Escala 1:4000000. versión: 1, Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad, México, D.F.http://geoportal.conabio.gob.mx/metadatos/doc/html/rbiog4mgw.html.

      Procedimientos:

      • No aplica: 1) Se recopilo la información perteneciente a la base de datos de distribución del algodón silvestre Gossypium hirsutum en México, la cual contiene 185 registros (sitios de colecta) procedentes del MEXU y de muestras colectadas e identificados por la especialista Ana Laura Wegier Briuolo durante el periodo 2002 - 2007, por lo que, la calidad de los registros para este periodo es muy alta. Los registros de colecta recopilados contaban con coordenadas geográficas en latitud y longitud. 2) Para la modelación de la especie Gossypium hirsutum, se emplearon variables climáticas de WorldClim (Hijmans et. al, 2005), las cuales tienen una resolución de 30 segundos de arco. Se analizaron y seleccionaron 4 variables climáticas: temperatura mínima, temperatura máxima, precipitación promedio y altitud, además, 19 variables bioclimáticas: temperatura promedio anual, rango de temperatura promedio diurna (max temp - min temp), isotermalidad, temperatura estacional, temperatura máxima del mes más cálido, temperatura mínima del mes más frio, rango de temperatura anual, temperatura promedio del cuarto de año más húmedo, temperatura promedio del cuarto de año más seco, temperatura promedio del cuarto de año más cálido, temperatura promedio del cuarto de año más frio, precipitación anual, precipitación del mes más húmedo, precipitación del mes más seco, coeficiente de variación de la precipitación estacional, precipitación del cuarto de año más húmedo, precipitación del cuarto de año más seco, precipitación del cuarto año más cálido y precipitación del cuarto de año más frio. En total, se utilizaron 23 variables. 3) Se empleó el software GARP (por sus siglas en inglés Genetic Algorithm for Production) que es un algoritmo genético basado en reglas que permite encontrar regiones del territorio que son similares a un conjunto de puntos de entrenamiento y con ellos se puede realizar estudios sobre la biodiversidad, ya que, permite al usuario predecir y analizar la distribución potencial de las especies silvestres. La paquetería genera soluciones de forma estocástica por lo que es necesario correr al menos unas n>100 simulaciones por conjunto de datos que permite obtener un número entero entre 0 y n. Al programa GARP se le cargo 23 coberturas procedentes de WorldClim y los puntos de entrenamiento (sitios de colecta), con un límite de convergencia de 0,01%, un 5% de omisión, y un umbral de 10%. Con estos datos la paquetería predijo del rango de 0 a 10 la posibilidad de encontrar la especie dentro de la celda, donde el valor de 0 es ausencia y 10 el rango de mayor probabilidad de encontrar la especie. 4) El modelo resultante se recortó con zonas delimitadas con criterios biogeográficos, para ello, se utilizó el mapa de Provincias biogeográficas de México (Conabio, 1997). 5) El modelo se exportó a un formato GRID, posteriormente, se desplego en el programa ArcGIS Desktop 10.2 y se exporto a formato Shapefile usando la herramienta Raster to Polygon, y se nombró como METAPOBLGW.shp 6) Al archivo shapefile, se le asignó un sistema de coordenadas geográficas, con datum y esferoide en WGS84. 7) Con base en el criterio del investigador responsable, los rangos de 0 a 10 se sintetizaron, eliminando los valores de 0 (ausencia) y generalizando el rango de 1 a 10 (probabilidad) a 1 (presencia). 8) A partir del modelo de distribución potencial de la especie Gossypium hirsutum en México, se identificaron nuevas poblaciones a lo largo del golfo de México. En 2008 se colectaron nuevos registros pertenecientes a la especie, con esto se corroboró la alta calidad del modelo. 9) La delimitación de las poblaciones se dio a partir de las observaciones de la estructura genética, la cual fue delimitada por BAPS v5.2 donde se reconoció una partición óptima de las poblaciones en 6 Clusters (o linajes) los cuales se ponderaron a 8 grupos. Estos grupos genéticos coinciden con la estructura geográfica del modelo de distribución potencial de la especie Gossypium hirsutum en México. 10) Los analistas al observar la distribución especial y el entorno ecológico de las poblaciones dedujeron la existencia de 8 zonas bioclimáticas. Se llegó a esta conclusión ya que las poblaciones se encuentran separadas por zonas intermedias que carecen de condiciones climáticas y ecológicas adecuadas para favorecer el desarrollo de la especie Gossypium hirsutum, o de zonas con barreras geográficas que delimitan el flujo de polen entre las poblaciones. A partir de la delimitación de las 8 zonas bioclimáticas, los investigadores determinaron las 8 metapoblaciones debido a que las poblaciones de algodón contenidas en ellas eran delimitadas por barreras geográficas evidentes. 11) Desacuerdo a los criterios mencionados anteriormente, el modelo de distribución potencial de la especie Gossypium hirsutum se recortó, extrayendo 8 metapooblaciones: 1) Metapoblación Baja California Sur (Sur de Baja California Sur; MBC); 2) Metapoblación Pacífico Norte (Centro y Sur de Sinaloa y Norte de Nayarit; MPN); 3) Metapoblación Golfo Norte (Norte de Veracruz, Este de San Luis Potosí y Sur de Tamaulipas; MGN); 4) Metapoblación Bahía de Banderas (Sureste de Nayarit y Noreste de Jalisco; MBB); 5) Metapoblación Golfo Sur (Centro y Sureste de Veracruz; MGS); 6) Metapoblación Pacífico Sur (Sureste de Guerrero, línea costera de Oaxaca, Centro Oeste y Sur de Jalisco, Colima, Michoacán Noreste y Centro de Guerrero; MPS); 7) Metapoblación Pacífico Centro (línea costera Centro y Sur de Jalisco, Colima, Michoacán, Noreste y Centro de Guerrero; MPC) y 8) Metapoblación Península de Yucatán (Quintana Roo, Yucatán, Campeche Noreste y Este de Tabasco; MPY). 12) Se trataron los archivos shapefiles pertenecientes a las 8 metapoblaciones, con el fin de generalizar las tablas de atributos, de tal forma, que los 8 archivos tuvieran la misma información. 13) Se calculó el área de los polígonos en metros cuadrados, con la herramienta Field Calculator de ArcGIS- Desktop 10.2 14) Se integraron los archivos shapefile de las 8 metapoblaciones en un solo archivo con la Herramienta Merge de ArcGIS- Desktop 10.2.

    6. Porcentaje del área de estudio cubierta por nubes
  3. Atributos espaciales
    1. Representacion espacial
    2. Método de representacion espacial
      Vector
    3. Información de vectores y puntos
      Descripción SDTS (Spatial Data Transfer Standard - Spatial Data Concepts):
      Tipo de objetos punto y vectores:
      G-polygon
      Número de puntos o vectores:
      23698
    4. Información de imágenes
  4. Sistema de referencia
    1. Sistema de coordenadas (horizontal)
      Geográficas:
      Resolución de la latitud:
      0.0174532925199433
      Resolución de la longitud:
      0.0174532925199433
      Unidades de las coordenadas Geográficas:
      Decimal degrees
      Modelo geodésico:
      Datum horizontal:
      WGS84
      Elipsoide:
      WGS84
      Semieje mayor:
      6378137.000000
      Denominador del factor de achatamiento:
      298.257224
    2. Sistema de coordenadas (vertical)
  5. Atributos no espaciales
    1. Descripción detallada

      Nombre: METAPOBLGW.DBF

      Definición: Describe los campos contenidos en el mapa.

      Fuente: No conocido

      Atributo Descripción Fuente [1] Dominio [2] Precisión [3]
      GRIDCODE Numérico Datos del proyecto Identificador único y consecutivo de la celdas pertenecientes a una metapoblación. -
      MetaPob Carácter Determinando por los investigadores del proyecto Describe el nombre de la metapoblación a la que pertenece el polígono. -
    2. Descripción resumida
  6. Distribución de la información
    1. Información de contacto

      Dirección General de Análisis y Prioridades

      facevedo@conabio.gob.mx

      Coordinadora de Análisis de Riesgo y Bioseguridad


      Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)

      Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 3er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, Ciudad de México, 14010, México

      Teléfono: 01 55 5004 3173 y (fax) 01 55 5004 4931

      Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.

    2. Nombre de referencia
      metapoblgw
    3. Responsabilidad
      La Subdirección de Gestión de Sistemas Geoespaciales de la CONABIO solo se hace responsable de la información presentada en el mapa y se deslinda del uso que se le de a la misma.
    4. Medios de distribución

      Digitales:

      Precio: Acceso libre sin ningún cargo al público en general.

    5. Medios de distribución especiales
    6. Requisitos técnicos
      Tener sistemas compatibles con archivos Shapefile, en caso que existan se pueden visualizar en Google Earth KML y/o conexión al servicio WMS.
    7. Disponibilidad
  7. Acerca de este documento
    1. Fecha de creación o última actualización
      01-04-2020
    2. Fecha de última revisión
    3. Fecha de la siguiente revisión
    4. Información de contacto

      Subdirección de Gestión de Sistemas Geoespaciales

      ssig@conabio.gob.mx

      Administrador de Metadatos


      Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)

      Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, Ciudad de México, 14010, México

      Teléfono: 01 55 5004 5012 y (fax) 01 55 5004 4931

      Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.

    5. Nombre del estándar de contenido
      FGDC Biological Data Profile of the Content Standard for Digital Geospatial Metadata
    6. Versión del estándar de contenido
      FGDC-STD-001.1-1999
    7. Uso horario
    8. Condiciones de acceso
    9. Condiciones de uso
    10. Restricciones de seguridad o privacidad
    11. Extensiones
COMISIÓN NACIONAL PARA EL CONOCIMIENTO Y USO DE LA BIODIVERSIDAD

Av. Liga Periférico – Insurgentes Sur No. 4903. Col. Parques del Pedregal. Del. Tlalpan. 14010. México, DF. Tel. (55) 5004-5018 y (55) 5004-4938. Correo electrónico ssig@conabio.gob.mx

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