Micrurus laticollaris (serpiente-coralillo del balsas). Distribución potencial (Campos-Rodríguez et al., 2015)

Catálogo de metadatos geográficos. Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad

Autor: Campos-Rodríguez, J. I., X. Flores-Leyva, A. Crispín-Flores, F. L. López-Galicia, M. del C. Díaz-Flores, (2015)

Palabras clave: 2015, Distribución potencial, JM042, Micrurus laticollaris, serpiente-coralillo del balsas

Fecha de publicación: 07-09-2015, del metadato 07-09-2015

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  1. Información de identificación
    1. Referencia
      Información de referencia:
      Autor:
      Campos-Rodríguez, J. I., X. Flores-Leyva, A. Crispín-Flores, F. L. López-Galicia, M. del C. Díaz-Flores, (2015). 'Micrurus laticollaris (serpiente-coralillo del balsas). Distribución potencial', escala: 1:1000000. edición: 1. Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico Nacional.. Proyecto: JM042, Modelaje de la distribución potencial de 10 especies de anfibios y reptiles en riesgo de extinción con escasos registros de presencia. El proyecto fue financiado por la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO).. México.
      Fecha de publicación:
      07-09-2015
      Nombre del producto:
      Micrurus laticollaris (serpiente-coralillo del balsas). Distribución potencial (Campos-Rodríguez et al., 2015)
      Formato de representación geográfica:
      Shapefile. Formato vectorial compuesto por 4 archivos (shp, shx, dbf,prj)
      Información complementaria:
      Escala: 1:1000000
      Acceso en línea:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/metadatos/doc/html/mla042dpgw.html
    2. Descripción
      Resumen:
      El modelo de distribución potencial de Micrurus laticollaris, se elaboró dentro del proyecto JM042 Modelaje de la distribución potencial de 10 especies de anfibios y reptiles en riesgo de extinción con escasos registros de presencia, apoyado por CONABIO. El objetivo fue estimar la distribución potencial de esta especie, utilizando como datos geográficos digitales los sitios de recolecta georreferenciados y 4 variables bioclimáticas de WorldClim a una resolución de 1 km cuadrado. Ambos conjuntos de datos fueron incorporados en el programa MaxEnt 3.3.3k para generar el modelo, que fue recortado bajo el umbral Minimum training presence y convertido a shapefile para definir el área de presencia
      Propósito:
      Estimar la distribución espacial de Micrurus laticollaris
      Información suplementaria:
      Se da un agradecimiento especial a los curadores de las colecciones: Colección Nacional de Anfibios y Reptiles (CNAR); Colección Herpetológica, Museo de Zoología Alfonso L. Herrera (MZFC); Collection of Herpetology, American Museum of Natural History (AMNH); Collection of Amphibians and Reptiles of Field Museum of Natural History (FMNH); y Colección Herpetológica de la Escuela Nacional de Ciencias Biológicas (ENCB), por proporcionar información empleada en el presente trabajo. Del número de sitios utilizados para modelar, (1) se encuentran fuera de la región M. Referencias en la web: http://www.conabio.gob.mx/institucion/cgi-bin/datos2.cgi?Letras=JM&Numero=42
    3. Periodo de validez de los datos
      Fecha y hora:
      No aplica
      Vigencia:
      1892-2009
    4. Estado de la información
      Progreso:
      Terminado
      Mantenimiento:
      No planeado
    5. Dominio espacial
      Descripción de la extensión geográfica:
      Cordillera Costera del Sur, Cuenca del Balsas, Sierras Centrales de Oaxaca, Sierra de Jalisco, República Mexicana
      Coordenadas extremas:
      (Oeste) -105.692054748535, (Este) -96.5253829956055, (Norte) 21.1236839294434, (Sur) 15.9403486251831
    6. Palabras clave
      Tema:
      2015, Distribución potencial, JM042, Micrurus laticollaris, serpiente-coralillo del balsas
      Lugar:
      Colima, Guerrero, Jalisco, México, Michoacán de Ocampo, Morelos, Nayarit, Oaxaca, Puebla, República Mexicana, Tlaxcala
    7. Taxonomía
      Palabras clave:
      Tema: Reptilia, Squamata, Elapidae, Micrurus, Micrurus laticollaris, serpiente-coralillo del balsas, coralillo del balsas, coralillo, coral del balsas, balsas coral snake
      Sistema taxonómico:

      Clasificación:

      Fuente:

      • 'Herpetofauna Mexicana: Lista anotada de las especies de anfibios y reptiles de México, cambios taxonómicos recientes, y nuevas especies'

        19930000. Flores-Villela, O., C. J. McCoy, (1993), 'Herpetofauna Mexicana: Lista anotada de las especies de anfibios y reptiles de México, cambios taxonómicos recientes, y nuevas especies', Carnegie Museum of Natural History, Pittsburgh, Pennsylvania, USA.

      Procedimiento taxonómico: No conocido

      Clasificación:

      Animalia: Chordata: Reptilia: Squamata: Elapidae: Micrurus: (, , , , )

    8. Herramienta de análisis
    9. Condiciones de acceso
      Sin restricciones
    10. Condiciones de uso

      Importante:

    11. Contacto
    12. Vista previa
      Nombre del recurso:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/20/mla042dpgw
      Descripción:
      171 x 132 píxeles
      Formato:
      image/png
      Nombre del recurso:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/96/mla042dpgw
      Descripción:
      1002 x 774 píxeles
      Formato:
      image/png
    13. Créditos y reconocimientos
    14. Restricciones de uso
    15. Sistema nativo
      Maxent 3.3.3k, DIVA-GIS 7.5, ArcView 3.2, Hewlett- Packard HP Pavilion Notebook PC, Intel ® Cote ™ i5-2430 M CPU 2.4 GHz RAM 4 GB, Windows 7 Home Basic © 2009 Microsoft Corporation 64 bits
    16. Documentos relacionados

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      Acceso directo al mapa en el Geoportal de CONABIO. Coordenadas geográficas WGS84. (EPSG:4326)

      Micrurus laticollaris (serpiente-coralillo del balsas). Registros de presencia usados para elaborar el mapa de distribución potencial (Campos-Rodríguez et al., 2015)

      Archivo de descarga compactado en ZIP. Contiene ESRI Shapefile (SHP) en Coordenadas geográficas WGS84. (EPSG:4326).

      Página de enciclovida para Micrurus laticollaris a nivel de especie

      Enlace por idcatalogo 963REPTI en http://enciclovida.mx/especies/

  2. Calidad de la información
    1. Precisión de los atributos no espaciales
    2. Consistencia lógica
      Gabinete
    3. Cobertura del tema
      Se revisó y depuro las bases de datos de los registros de la ubicación de Micrurus laticollaris proporcionados por el SNIB-CONABIO, Herpnet, GBIF y localidades reportadas en la literatura especializada (Davis y Smith, 1953; Dixon y Webb, 1965; Duellman, 1958, 1961, 1965; Frost y Aird, 1978; Roze, 1967; Schmidt, 1933, 1936, 1958, Campbell y Lamar, 2004; Canseco y Gutiérrez, 2010; Flores-Leyva y Campos-Rodríguez, 2010). Se obtuvieron los datos geográficos de las variables climáticas utilizadas como variables independientes mediante el programa DIVA GIS, las variables climáticas fueron obtenidas de WordClim (Hijmans et al. 2004). Se utilizó el programa MaxEnt 3.3.3k para generar los modelos y el Sistema de Información Geográfica ArcView 3.1 para realizar los distintos procesos en la elaboración del dato geográfico de distribución potencial de la especie. La region geográfica para la elaboración del modelo se definió como las provincias fisiográficas Sierra de la Costa de Jalisco y Colima, Sierra de Jalisco, Volcanes de Colima, Cordillera Costera del Sur, Sierras Centrales de Oaxaca (Cervantes-Zamora et al., 1990) así como la cuenca del Balsas (INEGI-INE-CONAGUA, 2007). Está delimitada por las coordenadas extremas: -105.695985 oeste, -97.106488 este, 20.458842 norte y 17.262474 sur. Las variables independientes utilizadas para la generación del modelo fueron: Temperatura mínima del mes más frío, temperatura media del trimestre más frío, precipitación del mes más húmedo y precipitación del trimestre más frío. Se empleó AUC parcial como método estadístico de evaluación
    4. Precisión de los atributos espaciales
    5. Procesamiento

      Fuentes:

      • Campos-Rodríguez, J. I., X. Flores-Leyva, A. Crispin-Flores, F. L. López-Galicia, M. del C. Díaz-Flores, (2015), 'Modelaje de la distribución potencial de 10 especies de anfibios y reptiles en riesgo de extinción con escasos registros de presencia', versión: 1, Escuela Nacional de Ciencias Biológicas, Instituto Politécnico Nacional, México. Base de datos SNIB-CONABIO, proyecto No. JM042, http://www.conabio.gob.mx/institucion/cgi-bin/datos2.cgi?Letras=JM&Numero=42

      • Hijmans, R. J., S. E. Cameron, J. L. Parra, P. G. Jones, A. Jarvis, (2005), 'Global Climate Data', Escala 1:1000000. versión: 1.4, WorldClim, University of California, Berkeley. U.S.A.. Para información de los métodos usados para generar las capas climáticas y las unidades y formato de los datos, revisar el siguiente artículo: Hijmans, R.J., S.E. Cameron, J.L. Parra, P.G. Jones and A. Jarvis, 2005. Very high resolution interpolated climate surfaces for global land areas. International Journal of Climatology 25: 1965-1978, https://www.worldclim.org/

      • Cervantes-Zamora, Y., S. L. Cornejo-Olgín, R. Lucero-Márquez, J. M. Espinoza-Rodríguez, E. Miranda-Viquez, A. Pineda-Velázquez, (1990), 'Provincias Fisiográficas de México', Escala 1:4000000. Instituto de Geografía, Universidad Nacional Autónoma de México, México. En: Clasificación de Regiones Naturales de México. Tomo II, Sección IV.10.2. Atlas Nacional de México (1990-1992). Instituto de Geografía, UNAM. México, http://www.conabio.gob.mx/informacion/gis/?vns=gis_root/region/fisica/rfisio4mgw

      • Priego, A. G., E. Isunza, N. Luna, J. L. Pérez, (2007/06/25), 'Mapa de Cuencas Hidrográficas de México, 2007', Escala 1:250000. versión: 1, Instituto Nacional de Estadística Geografía e Informática, Instituto Nacional de Ecología y Comisión Nacional de Agua, México. Elaborada por Priego A.G., Isunza E., Luna N. y Pérez J.L., http://www.conabio.gob.mx/informacion/metadata/gis/cue250k_07gw.xml?_httpcache=yes&_xsl=/db/metadata/xsl/fgdc_html.xsl&_indent=no

      Procedimientos:

      • No aplica: Se revisó y depuró las bases de datos de los registros disponibles de Micrurus laticollaris, para delinear la distribución geográfica conocida de la especie, la validez taxonómica de los registros disponibles y el número de registros de presencia únicos. Los registros de presencia fueron georreferenciados en cartas topográficas digitales 1:50,000 de INEGI empleando ArcMap 10.0, siguiendo el procedimiento de atomización descrito en el Manual de Procedimientos de Georreferenciación de Localidades de Colecciones Biológicas de la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO, 2008). Las coordenadas geográficas obtenidas mediante el proceso de georreferenciación fueron cotejadas con las coordenadas contenidas en la base de datos original consultada. Se corrigieron las incongruencias geográficas detectadas, verificando la validez de los datos geográficos originales con las cartas topográficas 1:50000 de INEGI. Los detalles específicos de las correcciones efectuadas a las bases de datos originales se describen en el informe del proyecto. Después se elaboró un dato geográfico de la distribución de la especie en formato shapefile, representado por puntos. Posteriormente, se generaron los datos geográficos de 19 variables climáticas utilizando los datos de temperatura, precipitación y altitud de WordClim (Hijmans et al. 2004). Para seleccionar las variables bioclimáticas se inició formado subconjuntos de acuerdo con los siguientes criterios: 1) Variables identificadas en un análisis de Jakknife como las de mayor contribución a un modelo experimental corrido con MAXENT 3.3.3k de M. laticollaris, considerando las 19 variables climáticas de WordClim (Hijmans et al. 2004) más la altitud; 2) variables bioclimáticas no correlacionadas entre sí, de acuerdo con un análisis de componentes principales (ACP) efectuado en el programa PAST 2.09 cuya matriz fue de correlación y 3) Aquellas variables bioclimáticas con mayor contribución al Componente Principal 1 de acuerdo con el mencionado ACP. Se efectuaron siete combinaciones de variables bioclimáticas (ver descripción en el informe final del proyecto) cuyos modelos experimentales fueron corridos en MAXENT 3.3.3k, los modelos promedio (averange) resultantes fueron inspeccionados a efecto de seleccionar aquella combinación de variables que producían modelos aceptables, es decir que no tuvieran errores de omisión o comisión notorios en relación a las localidades de presencia conocidas y la distribución conocida o inferida. Mediante el proceso mencionado, fueron seleccionadas cuatro variables bioclimáticas las cuales fueron: BIO6 (Temperatura mínima del mes más frío °C), BIO11 (Temperatura media del trimestre más frío °C), BIO13 (Precipitación del mes más húmedo mm) y BIO19 (Precipitación del trimestre más frío mm). Esta combinación de variables fue seleccionada, debido a que el modelo promedio resultante fue el más congruente con la distribución geográfica conocida de la especie, siendo un modelo que permitía visualizar una distribución continua. El resto de modelos tendían a sobrepredecir la presencia de la especie sobre áreas costeras) y cuencas en donde definitivamente no se ha registrado a la misma (errores de comisión). Micrurus laticollaris ha sido considerada endémica de la cuenca del Balsas y la depresión del Tepalcatepec (Campbell y Lamar, 2004). Sin embargo, los registros de presencia indican su presencia en las partes bajas a intermedias de las serranías circundantes, por tanto se empleó como parte de la delimitación de la Región de Accesibilidad (M) las provincias fisiográficas Sierra de la Costa de Jalisco y Colima, Sierra de Jalisco, Volcanes de Colima, Cordillera Costera del Sur y Sierras Centrales de Oaxaca (Cervantes-Zamora et al., 1990). El corrimiento de modelos exploratorios en MAXENT 3.3.3k sugirió que el nicho fundamental de M. laticollaris se localiza en la cuenca del Balsas (INEGI-INE-CONAGUA, 2007), la depresión del Tepalcatepec, así como en las partes bajas a intermedias de las serranías circundantes, por tanto se utilizó como M a las provincias fisiográficas Sierra de la Costa de Jalisco y Colima, Sierra de Jalisco, Volcanes de Colima, Cordillera Costera del Sur y Sierras Centrales de Oaxaca (Cervantes-Zamora et al. 1990). Para la construcción del modelo, se utilizaron 45 datos de presencia de la especie en formato .CSV y cuatro capas bioclimáticas en formato ASCII, que fueron ingresadas al programa MAXENT 3.3.3k. Los parámetros de elaboración fueron: features, linear (L), quadratic (Q) y hinge (H); output format, Logistic; output file type, grd; random test percentage, 70%; replicates, 100; replicated run type, Bootstrap; remove duplicate presence records, si; do clamping, no; otros parámetros por default. Para seleccionar el mejor modelo se revisó cada uno de los 100 modelos generados, de los que se seleccionó el número 73. El modelo seleccionado en formato GRD, fue recortado en el programa DIVA-GIS 7.5 bajo el umbral Minimum training presence logistic threshold con valor de 0.1638. El archivo resultante fue tratado con el programa ArcView 3.2, utilizando la herramienta Convert to Grid del menú Theme, posteriormente 'los tres archivos generados se exportaron al programa ArcMap 10, donde se seleccionó uno de los archivos y empleando la herramienta Raster to Polygon (con opción Simplify polygons desactivada), del menú Conversión Tools, se convirtió a formato vectorial. La evaluación de los modelos construidos en MAXENT 3.3.3k se realizó mediante el estadístico ROC parcial (Peterson et al. 2008), el cual fue evaluado con el programa Tool for Partial-ROC desarrollado por Barve (2008). Se crearon dos archivos de texto: El primero se denominó grid_value.csv, el cuál contenía dos columnas; una denominada Value_ que comprende 100 intervalos (valor mínimo 0 y valor máximo 1) de la predicción del modelo (suitability) y la segunda, Count_ indica el número de pixeles pertenecientes a cada intervalo. Los intervalos y el número de pixeles para cada intervalo fueron calculados empleando la opción Histogram del menú Analysis del programa DIVA 7.5. El segundo archivo fue nombrado point_value.csv y constaba de dos columna; la primera denominada ID, el cuál es un identificador para cada una de las localidades de presencia y la segunda columna, Value indica el valor de suitability para dichas localidades, el cual fue obtenido con la opción Extract values for point contenido en el menú Data del programa DIVA 7.5. En la evaluación de los modelos con Tool for Partial-ROC se emplearon los valores por default referentes a las opciones Proportion of points in bootstrap, Resampling with replacement i.e no of repeatation y 1-omission threshold greater than. Con los valores contenidos en la columna ROC Ratio del archivo resultante se construyó un histograma de frecuencias empleando Excel 2010. Los modelos con ROC Ratio mayor a 1 fueron considerados como buen identificador de las presencias y ausencias, considerándose de buen desempeño. 'El número de sitios mencionados en la metodología no coincide con el número de sitios en la base de datos Darwin Core'.

    6. Porcentaje del área de estudio cubierta por nubes
  3. Atributos espaciales
    1. Representacion espacial
    2. Método de representacion espacial
      Vector
    3. Información de vectores y puntos
      Descripción SDTS (Spatial Data Transfer Standard - Spatial Data Concepts):
      Tipo de objetos punto y vectores:
      G-polygon
      Número de puntos o vectores:
      473
    4. Información de imágenes
  4. Sistema de referencia
    1. Sistema de coordenadas (horizontal)
      Geográficas:
      Resolución de la latitud:
      0.0174532925199433
      Resolución de la longitud:
      0.0174532925199433
      Unidades de las coordenadas Geográficas:
      Decimal degrees
      Modelo geodésico:
      Datum horizontal:
      WGS84
      Elipsoide:
      WGS84
      Semieje mayor:
      6378137.000000
      Denominador del factor de achatamiento:
      298.257224
    2. Sistema de coordenadas (vertical)
  5. Atributos no espaciales
    1. Descripción detallada

      Nombre: MLA042DPGW.DBF

      Definición: La tabla contiene valores de 0 equivalente a ausencia y 1 a presencia de la especie

      Fuente: No conocido

      Atributo Descripción Fuente [1] Dominio [2] Precisión [3]
      VALUE Numérico Datos del proyecto Espacio geográfico convencional ocupado por la especie: 1=área ocupada (zona que cuenta con condiciones ambientales y bióticas favorables y que ha estado accesible a la especie y 0=área invadible (zona con condiciones ambientales y bióticas favorables, pero no accesible a la especie). -
    2. Descripción resumida
  6. Distribución de la información
    1. Información de contacto

      Subdirección de Gestión de Sistemas Geoespaciales

      ssig@conabio.gob.mx

      Subdirección de Gestión de Sistemas Geoespaciales


      Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)

      Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, Ciudad de México, 14010, México

      Teléfono: 01 55 5004 5012 y (fax) 01 55 5004 4931

      Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.

    2. Nombre de referencia
      mla042dpgw
    3. Responsabilidad
      La Subdirección de Gestión de Sistemas Geoespaciales de la CONABIO solo se hace responsable de la información presentada en el mapa y se deslinda del uso que se le de a la misma.
    4. Medios de distribución

      Digitales:

      Precio: Acceso libre sin ningún cargo al público en general.

    5. Medios de distribución especiales
    6. Requisitos técnicos
      Tener sistemas compatibles con archivos Shapefile, en caso que existan se pueden visualizar en Google Earth KML y/o conexión al servicio WMS.
    7. Disponibilidad
  7. Acerca de este documento
    1. Fecha de creación o última actualización
      07-09-2015
    2. Fecha de última revisión
    3. Fecha de la siguiente revisión
    4. Información de contacto

      Subdirección de Gestión de Sistemas Geoespaciales

      ssig@conabio.gob.mx

      Administrador de Metadatos


      Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)

      Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, Ciudad de México, 14010, México

      Teléfono: 01 55 5004 5012 y (fax) 01 55 5004 4931

      Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.

    5. Nombre del estándar de contenido
      FGDC Biological Data Profile of the Content Standard for Digital Geospatial Metadata
    6. Versión del estándar de contenido
      FGDC-STD-001.1-1999
    7. Uso horario
    8. Condiciones de acceso
    9. Condiciones de uso
    10. Restricciones de seguridad o privacidad
    11. Extensiones
COMISIÓN NACIONAL PARA EL CONOCIMIENTO Y USO DE LA BIODIVERSIDAD

Av. Liga Periférico – Insurgentes Sur No. 4903. Col. Parques del Pedregal. Del. Tlalpan. 14010. México, DF. Tel. (55) 5004-5018 y (55) 5004-4938. Correo electrónico ssig@conabio.gob.mx

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