Neotoma albigula (rata-cambalachera garganta blanca) Distribución Potencial en México (Sánchez-Cordero et al., 2020)

Catálogo de metadatos geográficos. Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad

Autor: Sánchez-Cordero, V., P. Rodríguez, N. Moreno-Almeraya, M. Jiménez-Cruz, (2020)

Palabras clave: 2020, JM040, Mamíferos, Mapas de distribución, Modelos de distribución, Neotoma albigula, Neotoma albigula albigula, Neotoma albigula mearnsi, Neotoma albigula melanura, Neotoma albigula seri, Neotoma albigula varia, Neotoma albigula venusta, Nicho ecológico, Roedores

Fecha de publicación: 27-05-2020, del metadato 27-05-2020

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  1. Información de identificación
    1. Referencia
      Información de referencia:
      Autor:
      Sánchez-Cordero, V., P. Rodríguez, N. Moreno-Almeraya, M. Jiménez-Cruz, (2020). 'Neotoma albigula (rata-cambalachera garganta blanca). Distribución Potencial en México', escala: 1:1000000. edición: 1. Instituto de Biología, UNAM. Proyecto: JM040, Modelado de la distribución potencial de especies de mamíferos reservorios y vectores de tres zoonosis emergentes en México. El Proyecto fue financiado por la Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO). Ciudad de México, México.
      Fecha de publicación:
      27-05-2020
      Nombre del producto:
      Neotoma albigula (rata-cambalachera garganta blanca) Distribución Potencial en México (Sánchez-Cordero et al., 2020)
      Formato de representación geográfica:
      GEOTIFF. Formato raster Resolución(925.92,925.92) metros
      Información complementaria:
      Escala: 1:1000000
      Acceso en línea:
      http://www.conabio.gob.mx/informacion/metadata/gis/nalb040dpgw.xml?_httpcache=yes&_xsl=/db/metadata/xsl/fgdc_html.xsl&_indent=no
    2. Descripción
      Resumen:
      El modelo de la distribución potencial de Neotoma albigula se elaboró como parte del proyecto JM040 'Modelado de la distribución potencial de especies de mamíferos reservorios y vectores de tres zoonosis emergentes en México'. Se generó con Maxent a partir de datos de presencia obtenidos del GBIF, 19 variables climáticas de WordlClim y 3 variables topográficas de HYDRO1K. El área de accesibilidad ('M') se eligió utilizando las eco-regiones de la WWF. Se evaluó el desempeño del modelo utilizando el AUC de la ROC completa.
      Propósito:
      Estimar la distribución potencial de Neotoma albigula en México.
      Información suplementaria:
      Referencias en la web: http://www.conabio.gob.mx/institucion/cgi-bin/datos2.cgi?Letras=JE&Numero=40
    3. Periodo de validez de los datos
      Fecha y hora:
      No aplica
      Vigencia:
      1800-2016
    4. Estado de la información
      Progreso:
      Terminado
      Mantenimiento:
      No planeado
    5. Dominio espacial
      Descripción de la extención geográfica:
      República Mexicana, Estados Unidos de América
      Coordenadas extremas:
      (Oeste) -117.121270733709, (Este) -95.71293620151, (Norte) 32.7221711085009, (Sur) 15.9138368339009
    6. Palabras clave
      Tema:
      2020, JM040, Mamíferos, Mapas de distribución, Modelos de distribución, Neotoma albigula, Neotoma albigula albigula, Neotoma albigula mearnsi, Neotoma albigula melanura, Neotoma albigula seri, Neotoma albigula varia, Neotoma albigula venusta, Nicho ecológico, Roedores
      Lugar:
      Aguascalientes, Baja California, Baja California Sur, Ciudad de México, Coahuila de Zaragoza, Colima, Chihuahua, Durango, Estados Unidos de América, Guanajuato, Guerrero, Hidalgo, Jalisco, México, Michoacán de Ocampo, Morelos, Nayarit, Nuevo León, Oaxaca, Puebla, Querétaro, República Mexicana, San Luis Potosí, Sinaloa, Sonora, Tamaulipas, Tlaxcala, Veracruz de Ignacio de la Llave, Zacatecas
    7. Taxonomía
      Palabras clave:
      Tema: Mammalia, Rodentia, Cricetidae, Neotoma, Neotoma albigula, calquimichin, rata cambalachera garganta blanca, rata magueyera, white-throated woodrat
      Sistema taxonómico:

      Clasificación:

      Fuente:

      • 'Catálogo de autoridades taxonómicas de especies de flora y fauna con distribución en México.'

        20190000. CONABIO (comp.), (2019), 'Catálogo de autoridades taxonómicas de especies de flora y fauna con distribución en México.', Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad, Base de datos SNIB-CONABIO. http://www.enciclovida.mx/, México.

      Procedimiento taxonómico: No conocido

      Clasificación:

      Animalia: Chordata: Mammalia: Rodentia: Cricetidae: Neotoma: (, , , )

    8. Herramienta de análisis
    9. Condiciones de acceso
      Sin restricciones
    10. Condiciones de uso

      Importante:

    11. Contacto
    12. Vista previa
      Nombre del recurso:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/20/nalb040dpgw
      Descripción:
      171 x 132 píxeles
      Formato:
      image/png
      Nombre del recurso:
      http://geoportal.conabio.gob.mx/descargas/mapas/imagen/96/nalb040dpgw
      Descripción:
      1002 x 774 píxeles
      Formato:
      image/png
    13. Créditos y reconocimientos
    14. Restricciones de uso
    15. Sistema nativo
      MaxEnt 3.3.3k, ArcGIS Desktop 10.6, DELL Optiplex 9020, Windows
    16. Documentos relacionados

      Neotoma albigula (rata-cambalachera garganta blanca) Registros de presencia usados para elaborar el mapa de distribución potencial en México (Sánchez-Cordero et al., 2020)

      Archivo de descarga compactado en ZIP. Contiene ESRI Shapefile (SHP) en Coordenadas geográficas WGS84. (EPSG:4326).

      Neotoma albigula (rata-cambalachera garganta blanca) Registros de presencia usados para elaborar el mapa de distribución potencial en México (Sánchez-Cordero et al., 2020)

      Acceso directo al mapa en el Geoportal de CONABIO. Coordenadas geográficas WGS84. (EPSG:4326)

      Página de enciclovida para Neotoma albigula a nivel de especie

      Enlace por idcatalogo 11092MAMIF en http://enciclovida.mx/especies/

  2. Calidad de la información
    1. Precisión de los atributos no espaciales
    2. Consistencia lógica
      Gabinete
    3. Cobertura del tema
      Se generó una base de datos de sitios ocurrencia en México de las especies de roedores, obtenidos de GBIF (Global Environmental Facility). Se realizó un proceso de control de calidad de los datos de aspectos taxonómicos y geográficos. Los modelos se generaron con el programa MaxEnt 3.3.3k (Phillips et al, 2006). Se utilizaron las localidades únicas de cada especie y variables climáticas de WordlClim (http://www.worldclim.org/) y topográficas (https://lta.cr.usgs.gov/HYDRO1K). El área de accesibilidad ('M') se eligió para cada especie, utilizando las eco-regiones de la WWF (Olson et al. 2001). Se evaluó el desempeño del modelo utilizando el AUC de la ROC (Narayani, 2008). Al mapa resultante, se le realizó una edición a posteriori siguiendo los límites políticos administrativos al norte del país, para ello se utilizó ArcGIS Desktop 10.3.
    4. Precisión de los atributos espaciales
    5. Procesamiento

      Fuentes:

      • Olson, D. M., E. Dinerstein, E. D. Wikramanayake, N. D. Burgess, G. V. N. Powell, E. C. Underwood, J. A. D'Amico, I. Itoua, H. E. Strand, J. C. Morrison, C. J. Loucks, T. F. Allnutt, T. H. Ricketts, Y. Kura, J. F. Lamoreux, W. W. Wettengel, P. Hedao, K. R. Kassem, (2014), 'Terrestrial Ecoregions of the World (TEOW)', versión: 1, World Wildlife Fund, Washington, DC. La información sobre los métodos usados para generar las capas de Ecorregiones Terrestres del Mundo se pueden consultar en: Olson, D. M., Dinerstein, E., Wikramanayake, E. D., Burgess, N. D., Powell, G. V. N., Underwood, E. C., D'Amico, J. A., Itoua, I., , http://worldwildlife.org/publications/terrestrial-ecoregions-of-the-world

      • Hijmans, R. J., S.E. Cameron, J.L. Parra, P.G. Jones, A. Jarvis, (2005), 'Global Climate Data', Escala 1:1000000. versión: 1.4, WorldClim, University of California, Berkeley. U.S.A. Para información de los métodos usados para generar las capas climáticas, las unidades y formato de los datos favor de revisar el siguiente artículo: Hijmans, R.J., S.E. Cameron, J.L. Parra, P.G. Jones and A. Jarvis, 2005. Very high resolution interpolate, http://www.worldclim.org/

      • modelo digital de elevacion, (2000), 'HYDRO1k Elevation Derivative Database', U.S. Geological Survey Earth Resources Observation and Science (EROS) Center, USA. The effort has been led by U.S.G.S. scientists in collaboration with the United Nations Environment Programme/Global Resource Information Database (UNEP/GRID) located in Sioux Falls, South Dakota., https://lta.cr.usgs.gov/HYDRO1KReadMe

      • Sánchez-Cordero, V., Gutiérrez-Granados, A. Rodríguez-Moreno, (2020), 'Modelado de la distribución potencial de especies de mamíferos reservorios y vectores de tres zoonosis emergentes en México', versión: 1, Instituto de Biología, Universidad Nacional Atónoma de México, Ciudad de México, México. Base de datos_Rodentia SNIB-CONABIO, proyecto No. JM040, http://www.conabio.gob.mx/institucion/cgi-bin/datos2.cgi?Letras=JM&Numero=40

      Procedimientos:

      • No aplica: Se generó una base de datos de sitios de ocurrencia en México de la especie Neotoma albigula obtenidos de GBIF (Global Environmental Facility). Se realizó un detallado proceso de control de calidad tanto de la parte taxonómica, como de la parte geográfica. Se eliminaron datos redundantes, duplicados, inconsistentes y sin información útil para la generación del modelo. Se obtuvieron 581 registros de localidades únicas. Para definir el área de accesibilidad (M) se seleccionaron aquellas eco-regiones en las que se tenía al menos un registro de presencia, y las que, de acuerdo con el conocimiento del experto, podrían ser parte de la distribución de la especie. La 'M' quedó conformada por las siguientes eco-regiones: Arizona Mountains forests, Baja California desert, Bajío dry forests, Balsas dry forests, California coastal sage and chaparral, California interior chaparral and woodlands, California montane chaparral and woodlands, Central and Southern mixed grasslands, Central Mexican matorral, Chihuahuan desert, Colorado Plateau shrublands, East Central Texas forests, Edwards Plateau savanna, Great Basin montane forests, Great Basin shrub steppe, Gulf of California xeric scrub, Jalisco dry forests, Meseta Central matorral, Mesoamerican Gulf-Caribbean mangroves, Mojave desert, Northern Mesoamerican Pacific mangroves, Oaxacan montane forests, Petén-Veracruz moist forests, San Lucan xeric scrub, Sierra de la Laguna dry forests, Sierra de la Laguna pine-oak forests, Sierra Juarez and San Pedro Martir pine-oak forests, Sierra Madre de Oaxaca pine-oak forests, Sierra Madre del Sur pine-oak forests, Sierra Madre Occidental pine-oak forests, Sierra Madre Oriental pine-oak forests, Sierra Nevada forests, Sinaloan dry forests, Sonoran-Sinaloan transition subtropical dry forest, Sonoran desert, Southern Pacific dry forests, Tamaulipan matorral, Tamaulipan mezquital, Tehuacán Valley matorral, Texas blackland prairies, Trans-Mexican Volcanic Belt pine-oak forests, Veracruz dry forests, Veracruz moist forests, Veracruz montane forests, Western Gulf coastal grasslands, Western short grasslands. Las variables predictoras se seleccionaron a partir de un análisis de correlación de Pearson realizado entre las 19 variables de Worldclim (http://www.worldclim.org/) y las variables topográficas, altitud, pendiente y orientación (https://lta.cr.usgs.gov/HYDRO1K). Para este proceso se utilizó el paquete fuzzySim que se corrió en R (R Core Team 2015. ISBN 3-900051-07-0XX). Las variables seleccionadas fueron: aspect, bio_1, bio_14, bio_15, bio_19, bio_2, bio_3, bio_7 y pendiente. Se usó el programa MaxEnt 3.3.3k (Phillips et al., 2006). Se seleccionó el tipo de salida 'logistic' y se mantuvieron los parámetros establecidos por default. Se activó 'Create response curves', 'Do jacknife to measure variable importance', 'Random seed', 'Add all samples to background' y 'Write plot data'. Se desactivó: 'Write clamp grid when projecting', 'Do MESS analysis when projecting', 'Extrapolatre' y 'Do clamping'. Se utilizó el 75 % de los registros para entrenamiento y el 25 % para validación (Random test percentage). Se corrieron 10 réplicas y se utilizó el método 'Bootstrap' para hacer el re-muestreo. El valor de AUC de la ROC resultó de: 0.8547 (training) y 0.8267 (test), lo que indica que es un buen modelo. Al mapa resultante, se le realizó una edición a posteriori siguiendo los límites políticos administrativos al norte del país, para ello se utilizó ArcGIS Desktop 10.3. El modelo se generó con registros a nivel de especie y de las siguientes subespecies: Neotoma albigula albigula, Neotoma albigula mearnsi, Neotoma albigula melanura, Neotoma albigula seri, Neotoma albigula varia y Neotoma albigula venusta.

    6. Porcentaje del área de estudio cubierta por nubes
  3. Atributos espaciales
    1. Representacion espacial
    2. Método de representacion espacial
      Raster
    3. Información de vectores y puntos
    4. Información de imágenes
      Tipo de objeto:
      Pixel
      Dimensiones:
      Número de filas:
      2017
      Número de columnas:
      2569
      Número de niveles, capas, etc.. Vertical:
      1
  4. Sistema de referencia
    1. Sistema de coordenadas (horizontal)
      Geográficas:
      Resolución de la latitud:
      0.0174532925199433
      Resolución de la longitud:
      0.0174532925199433
      Unidades de las coordenadas Geográficas:
      Decimal degrees
      Modelo geodésico:
      Datum horizontal:
      WGS84
      Elipsoide:
      WGS84
      Semieje mayor:
      6378137.000000
      Denominador del factor de achatamiento:
      298.257224
    2. Sistema de coordenadas (vertical)
  5. Atributos no espaciales
    1. Descripción detallada

      Nombre: NALB040DPGW.TIF

      Definición: Describe los campos contenidos en el mapa

      Fuente: No conocido

      Atributo Descripción Fuente [1] Dominio [2] Precisión [3]
      Value Numérico Datos del proyecto Los valores cercanos a 1 indican condiciones favorables para la presencia de la especie, valores cercanos a 0 indican condiciones no favorables para la especie. -
    2. Descripción resumida
  6. Distribución de la información
    1. Información de contacto

      Subcoordinación de Sistemas de Información Geográfica

      ssig@conabio.gob.mx

      Subcoordinación de Sistemas de Información Geográfica


      Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)

      Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, D.F., 14010, México

      Teléfono: 50045012 y (fax) 50044931

      Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.

    2. Nombre de referencia
      nalb040dpgw
    3. Responsabilidad
      La Subcoordinación de Sistemas de Información Geográfica de la CONABIO solo se hace responsable de la información presentada en el mapa y se deslinda del uso que se le de a la misma.
    4. Medios de distribución

      Digitales:

      • GeoTIFF (TIF), 8.72 MB

        http://www.conabio.gob.mx/informacion/gis/maps/geo/nalb040dpgw.zip

      • Google Earth (KML)

        http://www.conabio.gob.mx/informacion/gis/maps/kmz/nalb040dpgw.kmz

      Precio: Acceso libre sin ningún cargo al público en general.

    5. Medios de distribución especiales
    6. Requisitos técnicos
      Tener sistemas compatibles con archivos raster, en caso que existan se pueden visualizar en Google Earth KML y/o conexión al servicio WMS.
    7. Disponibilidad
  7. Acerca de este documento
    1. Fecha de creación o última actualización
      27-05-2020
    2. Fecha de última revisión
    3. Fecha de la siguiente revisión
    4. Información de contacto

      Subcoordinación de Sistemas de Información Geográfica

      ssig@conabio.gob.mx

      Administrador de Metadatos


      Comisión Nacional para el Conocimiento y Uso de la Biodiversidad (CONABIO)

      Liga Periférico Insurgentes Sur Num. 4903 1er piso. Col. Parques del Pedregal. Delg. Tlalpan, D.F., 14010, México

      Teléfono: 01 55 5004 5012 y (fax) 50044931

      Horario de servicio: Lunes a Viernes de 8 a 18 hrs.

    5. Nombre del estándar de contenido
      FGDC Biological Data Profile of the Content Standard for Digital Geospatial Metadata
    6. Versión del estándar de contenido
      FGDC-STD-001.1-1999
    7. Uso horario
    8. Condiciones de acceso
    9. Condiciones de uso
    10. Restricciones de seguridad o privacidad
    11. Extensiones
COMISIÓN NACIONAL PARA EL CONOCIMIENTO Y USO DE LA BIODIVERSIDAD

Av. Liga Periférico – Insurgentes Sur No. 4903. Col. Parques del Pedregal. Del. Tlalpan. 14010. México, DF. Tel. (55) 5004-5018 y (55) 5004-4938. Correo electrónico ssig@conabio.gob.mx

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